9jxs

Cryo-EM structure of Cas5-HNH Cascade bound with dsDNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 180.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jxs
沉积日期 deposition_date	2024-10-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of Cas5-HNH Cascade bound with dsDNA
关键词 keywords	Cryo-EM strcuture, Cascade, CRISPR-Cas, IMMUNE SYSTEM, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.08 Å
零角强度 I(0) i0	2566470000.00
分子量 molecular_weight	398100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	486950 Å³
包络体积 envelope_volume	672480 Å³
水化壳体积 shell_volume	104200 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.9 Å
壳层 Rg shell_rg	56.99 Å
包络 Rg envelope_rg	52.84 Å
形状 Rg shape_rg	53.09 Å
总 Rg total_rg	53.15 Å
总原子数 total_atoms	27905
残基数 n_residues	3406
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.1 Å
Rg (实空间) rg_real	53.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5660e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8990e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2566000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8618
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.405
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	558300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.683

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1)
分子量 formula_weight	60665.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	27905

MYCAAVCFPQTKYQQRGTALKKPLVGLRKMGVEAAAWNTLKVTRDRPKLTFPDLITPQSKFLDNDLWLKYKVPIEQKEHVMYNLLCDNWVNVVYLSGKPDRISLVQTLKDAHCLQLAYSNPMDRFTVFRFLLALGYWCFANTNVEPEPDKPLPVSWIPWLEENKEYFELFGDGKRFFQADPSSRIRAITDLIHEIPTAHNLCHFKHVTDYIDGLCEACCIKGLLRLPVFTTVGGRGIGAGINNTPPFYLLWHANDLAGMLAQNWQPWDNMGIPAWLGSFQKESREVGLLAGMTWLPRKVYLHDPVPGQAACCSCGLPSEALVYSCSIEVEPVPKGLEWKDPHGVYTDQGKSLQSKIKLMSNDRYTFADRDWYSPLFSYLHAEGNSRQGKLWLVGFASDKAKSIDIWDKIIELEGTDTNDELLAQLANRATALNAMRKKPLRGDFKKSVGTPQIADIIPHAENRIAINAGKMTENRGYSWQDADTEYGELLTKVAYSLEPAQTVDARLKRGNFISRKPWPIIPESKTKPAEGDQNE

来源 Source

来源生物 organism	Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1852835
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2)
分子量 formula_weight	20300.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MNRGTVDFIASLENLKEGDLGILRKLRGARLDEKLPGFDLFSALWWPLRQKNQRAPKREVAWLIAKLFAEFRFEQREGATLPILMGGICRKLEPKKELPRVLARFDQLASLDIMQMEEPLSVIMGILRKHQQVCLDWVGLTDVLSFWEQEPVKREWSDSFIKAYKINKEDSDVD

来源 Source

来源生物 organism	Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1852835
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR system Cascade subunit CasC
分子量 formula_weight	41794.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,I,J,K,G

MLIEIHMIQNHSPANLNRDDLGAPKTCYFGGVLRSRISSQCIKRSIRTSNDFKALLGGVRTRRLADLIQQEAGETECWKKAQEILNKCGFKNKDDNTKMLVFMSKDKIKDLARIVLDNSLGLTEAAQQVANVIAQATLAPDIALCGRMLEPNDKDKDKKVKWSNTTVEAALQVAHAISTHIARPEIDYFVAADDVPGEDAGAGHIGESMFASACFYKYFSIDWEQLVKNLKGDTNLAAHTVGAFLLAAAKTNPSGKQNSFAAHNYPDGILVEFKNSPISYANAFVRPVSVVKESDLVEQSIGQLSNYVNDIRLGYYDEQSPVIGFWFSPNNRYPLGYKHSKLASRNIGNLNELVGAVLDYIGGFKWEEVQKSKAYIGG

来源 Source

来源生物 organism	Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1852835
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR system Cascade subunit CasD
分子量 formula_weight	43554.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSAPPNTLFLRLEGALQSWGSNEAKFALRRTADAPTKSGVLGLLCAAMGIGRAEAADSWLPKLANLRMGVRIDRPGIRWWDFHTVGAGQRMRMAELKAPKKPSMVGAALAETLTPSKVKTRAETLLSRREYLADASFLVALQGEPELVAKLSAALAKPVWAIYLGRKSCPPSRPVCEHPPGFYNTLEEALSAVPLQKRWHNEPLPQILPCVMDWIPGYDGEHAPDDAEIHYDLPVSFQPPRHLPRFVIRRELVVGEDVQVSRETGTSVWRPKGTRADYNNSEYKKVRAERLVMDHAACMVCKAPATTVQHVNYRRAGGKEIPEDLRALCRLCADACTMLEYGSGMTTNRIDPCDPIWRERILAKRKEIVEFRSRGQRFRKMKPEEENG

来源 Source

来源生物 organism	Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1852835
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (54-MER)
分子量 formula_weight	16524.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

GCTTGACATGTGTGCTAAGCGCACCTAATTTCCTGACGGCAATCCTTACCAGCT

Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR-associated endoribonuclease Cse3
分子量 formula_weight	31218.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MIYLSRLLIDTGGNPDRPRPGRKWLDNIYNVHRRLSMAFPSGLRREQDPHFLKPFSPNDFQKTPFLFRVDNNIDGNDKRAIIIVQSVLEPDWDYCFQNALDFLAAPPETKEYNPEFKAGQLLRFRLRVNASVRRHIPEMVQQDGQTIETGKILHKRVSLTWDASSTPDQALADWLAAKSPKLGFTLQRCELLQLGWVYGSKPEPKNVKVKEQGQGYWREHKYNPLRFRAALLEGVLEVDDPKLFLKTLSSGIGKAKSFGFGLLSVLPIRNDG

来源 Source

来源生物 organism	Candidatus Cloacimonetes bacterium ADurb.Bin088
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1852835
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	RNA (61-MER)
分子量 formula_weight	19697.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A

GUGAACCGGAUUGCCGUCAGGAAAUUAGGUGCGCUUAGCAGUAUUCCCCACGCAUGUGGGG

Entity 8 polymer

描述 description	non-target DNA
分子量 formula_weight	16751.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

AGCTGGTAAGGATTGCCGTCAGGAAATTAGGTGCGCTTAGCACACATGTCAAGC

Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.930 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.93 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	73951

fit	/app/data/saxs_computation/jx/9jxs/9jxs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jx/9jxs/9jxs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jx/9jxs/9jxs.dat

Cryo-EM structure of Cas5-HNH Cascade bound with dsDNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)