9jxx

Crystal structure of SiRe_0806 in complex with cA4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 119.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jxx
沉积日期 deposition_date	2024-10-12
结构标题 title	Crystal structure of SiRe_0806 in complex with cA4
关键词 keywords	;Sulfolobus islandicus, SiRe_0806, cyclic oligo-adenylates (cOAs), CARF domain, PIN domain, RNase, IMMUNE SYSTEM/RNA, IMMUNE SYSTEM-RNA complex ;; IMMUNE SYSTEM/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.35 Å
零角强度 I(0) i0	536132000.00
分子量 molecular_weight	192760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	243350 Å³
包络体积 envelope_volume	315290 Å³
水化壳体积 shell_volume	67974 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.36 Å
包络 Rg envelope_rg	36.66 Å
形状 Rg shape_rg	37.34 Å
总 Rg total_rg	37.88 Å
总原子数 total_atoms	13586
残基数 n_residues	1663
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	536200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8819
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.193
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.334
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	229900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.860

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	PIN domain-containing protein
分子量 formula_weight	49500.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,A,C
原子数 atom_count	13662

MLILATLGSDKSVTTINAILTEIFTGLNPNKIIIFREDPQKKDIKGMEKALEYLGVNTLIEEKVIGEGIKLWREKIRNEEIDIFDITPGRKYMALSATYYSRAEEIRYVYLKDEREGYNIFGYVPFEQLKVINVRIGDEIPYDPPLTQNVNEAESLLDVDSLRAFINILGLHGKVEINGIDLENPDQVEEICLFRSGKYKYEEEKDIIKEAERGSLFLADTNVYIRLGNRLRSLVYNRKYGFRLLSSKNTFNELYNHTAQDTQKIDENKVKFILGMLSYRSLHVPPITSQVRSSGDMGLINEALEIKKNVEDNVVLITADKALGLTAQSKGLRTIILSKVRKEIGEWDIGELLFCLSFYNDYRNGIRRMIEISLNGSKIAELHSYYHLQERRVKVRVVDKRYNYPKILEILSEILATADQAAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus islandicus REY15A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	930945
宿主生物 host_organism	Saccharolobus islandicus REY15A

Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1271.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Y,X

AAAA

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.468 Å
晶胞边长 b length_b	81.839 Å
晶胞边长 c length_c	86.217 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	75.47 °
晶胞夹角 β angle_beta	87.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	61.09 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	48.820 Å
R 因子 r_factor	0.2082
R_work r_work	0.2062
R_free r_free	0.2444

fit	/app/data/saxs_computation/jx/9jxx/9jxx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jx/9jxx/9jxx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jx/9jxx/9jxx.dat

Crystal structure of SiRe_0806 in complex with cA4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)