SAXSdb — 9jzq

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jzq
沉积日期 deposition_date	2024-10-14
结构标题 title	The glycoprotein E of Varicella-Zoster Virus in complex with WLL-1/WLL-28 Fab
关键词 keywords	VZV, glycoprotein E, single B cell, monoclonal antibodies, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.59 Å
零角强度 I(0) i0	175705000.00
分子量 molecular_weight	108670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135650 Å³
包络体积 envelope_volume	215910 Å³
水化壳体积 shell_volume	36609 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.7 Å
壳层 Rg shell_rg	50.97 Å
包络 Rg envelope_rg	50.32 Å
形状 Rg shape_rg	51.51 Å
总 Rg total_rg	51.86 Å
总原子数 total_atoms	7652
残基数 n_residues	1001
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.1 Å
Rg (实空间) rg_real	51.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	175500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6969
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.458
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.757
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7363000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.577; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.319; Smooth: 0.009

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	WLL-1 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24313.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7652

QITLKESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLTNTEMTVGWIRRPPGKALEWLALIYWDDDKRYSPSLRSRLTITKDTSKNQVVLKMTNMDPVDTATYYCARLSLRLLTFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	WLL-1 Fab light chain
分子量 formula_weight	22816.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SYVVTQPPSVSVAPRQTARITCGGSNIGSKSVHWHQQKPGQAPVLVVYDDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTITRVEAGDEADYYCQVWDSSGDHPLFGGGTKLTVLGQPKANPTVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADGSPVKAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	WLL-28 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23929.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EVQLVQSGAEVKKPGEPLKISCKASGYNFANFWVGWVRQMPGRGLEWMGVIFPADSDTRYSPSFQGQVIISADKSTNTAYLQWSSLKASDSAMYYCARHVRGSLWGGGGYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	WLL-28 Fab light chain
分子量 formula_weight	23316.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

EIVMTQSPSTLSVSPGEGATLSCRASQSVNNDLAWYQQKPGQAPRLLINGASTRATGIPARFTGSGSGTEFTLTISSLQPEDFAVYFCQQYNDWPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein E
分子量 formula_weight	63171.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGTVNKPVVGVLMGFGIITGTLRITNPVRASVLRYDDFHIDEDKLDTNSVYEPYYHSDHAESSWVNRGESSRKAYDHNSPYIWPRNDYDGFLENAHEHHGVYNQGRGIDSGERLMQPTQMSAQEDLGDDTGIHVIPTLNGDDRHKIVNVDQRQYGDVFKGDLNPKPQGQRLIEVSVEENHPFTLRAPIQRIYGVRYTETWSFLPSLTCTGDAAPAIQHICLKHTTCFQDVVVDVDCAENTKEDQLAEISYRFQGKKEADQPWIVVNTSTLFDELELDPPEIEPGVLKVLRTEKQYLGVYIWNMRGSDGTSTYATFLVTWKGDEKTRNPTPAVTPQPRGAEFHMWNYHSHVFSVGDTFSLAMHLQYKIHEAPFDLLLEWLYVPIDPTCQPMRLYSTCLYHPNAPQCLSHMNSGCTFTSPHLAQRVASTVYQNCEHADNYTAYCLGISHMEPSFGLILHDGGTTLKFVDTPESLSGLYVFVVYFNGHVEAVAYTVVSTVDHFVNAIEERGFPPTAGQPPATTKPKEITPVNPGTSPLLRGSGSDYKDDDDKAAAHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 3 strain Oka vaccine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	341980
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.48 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	324054

fit	/app/data/saxs_computation/jz/9jzq/9jzq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jz/9jzq/9jzq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jz/9jzq/9jzq.dat

The glycoprotein E of Varicella-Zoster Virus in complex with WLL-1/WLL-28 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)