9jzr

Structure of PSI-LHCI-LHCII supercomplex from Bryopsis corticulans

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 207.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jzr
沉积日期 deposition_date	2024-10-14
结构标题 title	Structure of PSI-LHCI-LHCII supercomplex from Bryopsis corticulans
关键词 keywords	photosystem II, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	79.23 Å
零角强度 I(0) i0	23120600000.00
分子量 molecular_weight	1004300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1050800 Å³
包络体积 envelope_volume	1828800 Å³
水化壳体积 shell_volume	192300 Å³
包络直径 envelope_diameter	271.4 Å
壳层 Rg shell_rg	73.76 Å
包络 Rg envelope_rg	79.24 Å
形状 Rg shape_rg	79.21 Å
总 Rg total_rg	79.23 Å
总原子数 total_atoms	77090
残基数 n_residues	6582
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	207.3 Å
Rg (实空间) rg_real	75.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2370e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9280e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	78.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23080000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9078
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	93.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.251
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.605
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1693
最高正则化参数 α highest_alpha	1093000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.976; Stabil: 0.979; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.011

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (42)

Entity 1 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	26910.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0
原子数 atom_count	77090

MVFALSSFVGRPVVVGHAQPRAVRNVTRMAAERPMWYPGATAPKHLDGSMLGDYGYDPLDLGANPDSLAWFREAELMNGRYAMLGVMGGAFVNAFGLPNWWEAGAKVDVPISLGVLIALELAIFAVFEYKRYEGFKKTGECGVLSFMPFDPLNMRSEENKLKELKNGRLAMVASVGFISQYLVTGKGPVDNLKDHIVDPLHNNIYTSSVGNEVTVAIVFAAMWPMFAEAKKALGGKDDTFRAIPW

Entity 2 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	24458.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,5

MASALMQKSCVSAVVARPSRVTNRSVRVQARPGNWLPGSEAPSYLPEDLPGNYGYDPLGISENPANMERMIECEVMNGRWAMLAVPGMLAQEALGFGNWHDAPSWVYEGGSPTWFGAGMPITDIKLLAVIELVLMGGAEAMRASEPDMEKRVYPGGAFDPAGFSKGNLAELKLKEIKNARLAMFAFVGFVLQYYATGKGPVQCWTEHIADPLGANFATNGTSLPFF

Entity 3 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	27808.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MASILQQSTAFSCRSGAFTSSTRSQNASRAQGARNVAVKAADRPVWYPGNSPPEWLDGSLPGDYGYDPLGLASDPEMLKWWVQAELVHGRWAMLGTVGMIVPGVAARAGGDFPQWYDAGKVYIENSSIPFGALLMTQVLMMGWSEMMRYYEFVSPGSQGTGSFMGFTEAFAGTGENGYPGGRFFDPFGLAKGDPAKLQEYKVKEIKNGRLAMFSCLGYYAQYAATGKGPVDNWFDHIADPFHNTCATNGVSVPFLN

Entity 4 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	30409.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MAAALLSSPIVAGVQAPKAKFVSTPKVNPTVHGLGAALKVKAEDAKVAKVDRSKDTLFFADENSLTYLDGTLPGDYGFDPFGLLEPGNGDVGFINPSWLRYSEVIHGRFAMLGAAGCITPEILSSLGVIPESTGIVWYRNGVIPPAGSSDVYWVDPYTLFFVEVVAMQFAELRRLQDYRNPGSMGKQYFLGLEGVLGGSGDPSYPGGAFFNMFNLGKTEESMKVMKTREIKNGRLAMMAMFGFGAQAILTGKGPYQNLLDHLSDPFNNNILTNWTSVYGQL

Entity 5 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	29300.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MGAILSAGRAHVAFSSKSVQRTGFRAVSNGSRVTMSASRPLWLPGSTPPAHLDGSMTGDFGWDPLGLGANPEAMTWFREAELQNGRWAMMGVFGILVQELVKPDVFWYDAPTKIDLPFNIIGIVAFQAFAMHYVEIRRWQDLRKPGSVNKDPIFSNYSLPEHEPGYPGGIFAPFVPGDIEELKLKELKNARLSMLAFVGFVMQAQITGKGPIACWTDHLADPFGTTIFSKAVITLGGAVKPTCQIPDHVAFQGIDIPTPCFFEGFWP

Entity 6 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	28621.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

MAACGMATAAPFVGTQKNSTLRTSSTTRPRPVNCSAADRKLWAPGVAAPSYLDGSLAGDYGWDPMGLSSDPKALAWYRQAELVHSRWAMMGVVGILGQEILNPDVFWYEAGLPKNLPEQVSGLNLGGILAFEFCMMHYVEVRRWQDYKNFGSVNEDPVFKGNSVPNEVMGYPGGIFDPFGFAKGKDIEDLKTKEIKNGRLAMVAWTGFALQAQATGKGPIACWKDHLADPFVSNITANIGTCVIPDSVDVGGVNIPLYCLWPGQ

Entity 7 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	26575.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8,4

MATMMASSGVVARPAAFVGTQLPKVGVAARPSLAVVRAADRPIWLPGADVPEWLDGTIPGDFGYDPLKLGKDPETLKWYVQAELVHGRFAMMGLVGMLVPELLTNAGIGLPAKGTEWFNAGAAPMFAPTGVLFAMQFLLMGWAEIRRYQDFKNPGSVNVDPIFGGKLPDGNIPGYPGGIFDPFGFAKGDVDSLKLKEVKNGRLAMFATLGFYCQAVVTGKGPIACWTSHLADPWANNVWSIELAKVIK

Entity 8 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	24152.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	9

MASSMLLGLTKPVVVGGARVQARRNMNVACNAASRPMWLVGASAPDYLDGSMAGDYGYDPLGLGSDADRLAWYREAEKVNGRWAMNAVAGIVFCELLGIQTNWWEVGQNPDLPVDLPFNALVAIEAVIMGFFEVKRYQGWKDTGMSGLNDSFPWDPLGMTSERVELAEIKNGRLAMFAWTGFIAQAVVVRKGPVACLNAHLADPFGQNILTNVLNIPENIAQ

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83412.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MTISPPEREIKKVKVIVDRNTTDTSFEKWAKPGHFSRTLAKGPTTTTWIWNLHADAHDFDSHTSDLEDISRKVFSAHFGQLGIILIWLSGMYFHGARFSNYEAWLSDPTHIKPSAQVVWPIVGQEILNGDVGGGFQGIQITSGFFQLWRASGITSELELYSTALGGLLLASAMFFAGWFHYHKAAPKLEWFQNVESMMNHHLAGLLGLGSLGWAGHQIHLSIPINKLLDAGVDPKEIPLPHEFLLNRELMAGLYPSFSAGLKPFFTLNWSEYSDFLTFKGGLNPINGGLWLTDIAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSMKEILESHKGPFTGAGHQGLYEILTNSWHAQLAINLALFGSLSIIVAHHMYAMPPYPYLATDYGTQLSLFTHHTWIGGFCIVGAGAHAAIFMVRDYDPTNNYNNLLDRVIRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMSALGRPQDMFSDTTIQLQPIFAQWIQSIHYAAPQLTAPTASAATSLTWGGDIVSVGGKVAMMPISLGTSDFMVHHIHAFTIHVTALILLKGVLYSRSSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSAWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTVSESGVSHITGGNFANSANAINGWLRDFLWAQSSQVIQSYGSALSAYGLVFLGAHFVWAFSLMFLFSGRGYWQELIESILWAHNKLKVAPAIQPRALSITQGRAVGVAHYIFGGIVTTWSFFLARIIAVG

Entity 10 polymer

描述 description	photosystem I
分子量 formula_weight	82164.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATKFPKFSQGLAQDPTTRRIWFGVATAHDFESHDSITEETLYQKIFASHFGQLSIIFLWTSGNLFHVAWQGNFEAWVQDPLHIRPIAHAIWDPHFGQSAVEAFTRGGASGPVNIATSGVYQWWYTIGMRTNQDLYQGSVFLSIAAGLFLIAGWLHLQPKFQPTLSWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWTGHLVHVAIPESRGIHVRWDNFLTILPHPLGLKPFFTGNWSAYAQNPDTINHIFSTNTGSGDAILTFLGGFHPQTQSLWLTDMAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNFGIGHSMKEILDMHTPPSGNLGAGHQNLFDTINNSLHFQLGLALASAGTICSMVAQHMYSLPAYAFIASDFTTQASLYTHHQYIAGFMLCGAFAHGAIFFIRDYDPVANKGNVLARILDHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVMLAFGTPEKQILIEPVFAQWIQAAQGKSLYGFDFLLASSTSPAFNASQTVWLPGWLDAINNPTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLSVFWMLNTIGWVTFYWHWKHLGIWQGNVNQFNESSTYLMGWLRDYLWLNSSQLINGYNPFGMNSLSVWAWMFLFGHLVYATGFMFLISWRGYWQELIETLAWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFSVGYIFTYAAFLIASTSGKFG

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
分子量 formula_weight	21733.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MASSMTSSRTTVLTSRPAFAGQRVCAKVVRTRVTPAKFAVRAADAEAPAEEAPKVWTPPQLDPNTPSPIFGGSTGGLLRKAQVEEFYVITWEAKKEQIFEMPTGGAAIMRKGPNLLKLARKEQCLALTTQLRTKFKTDACFYRVFPSGEVQYLHPKDGVYPEKVNAGREGANQNMRSIGENVNPIKVKFTGKIGPFDV

Entity 12 polymer

描述 description	PsaE
分子量 formula_weight	10096.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MQFSAVRIATSVRATPVRAAKAEPETPPPVGPKRGSRVKILRPESYWYNRAGKVVSCDQTGIKYPVTVRFEDVNYAGVSTNNFGLQEVEEL

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	25129.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MATVFCASPLQLSSKCGLKPLKAKAPAPKAVRAVRAVSCSAENTTKNVATTVAAAALAAVVSFGAVGEAKADIAGLTPCSESKAFKRRENKEVKSLQKRMAKYEEGSAPALALQATAERTQKRFEFYGKSGLLCGNDGLPHLIADPGLAFRYGHAGDIMIPTVLFIYMAGYTGYAGREYLLATRGEKKPTQKEIIIDVPLALKCVAGSAGWPLRAFNDLRSGSLLEKEENITVSPR

Entity 14 polymer

描述 description	PsaG
分子量 formula_weight	18226.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAAATASLSSTLLAPCSSKQPQPQQQHQHQQLKCKSFSGLRPLKLNISSNNSSSSLSMSSARRSMTCRAELSPSLVISLSTGLSLFLGRFVFFNFQRENVAKQVPEQNGLTHFEAGDTRAKEYVSLLKSNDPVGFNIVDVLAWGSIGHIVAYYILATTSNGYDPSFF

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	3859.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MNAAYLPSIFVPLVGLVFPAIAMASAFLYIEKSAIE

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4744.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MQNLKIYLSTAPVIAFIWLSLLSSLIIEVNRFFPDPLIFAF

Entity 17 polymer

描述 description	PSI subunit V
分子量 formula_weight	21338.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MASVAGQCVAKPLVGSVFGKLNGMTPRAPMRSRSITVVVRAADEQKQVIQPINGDPFIGMLETPVTSAPIVAGFLSNLPAYRTGVSPLLRGVEIGLTHGFLVAGPFIKLGPLRDAAGGAAETAGCLSGALLVIILTACLTIYGQATFEDDEPQIGVKTLSGRDIARDPLQSAEGWNEFTSGWLVGGLSGVAWAYLCTQFLPFYS

Entity 18 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8880.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSHNVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMVPWDGCKAKQIASAPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSVRVYLGAETTRSMGLAY

Entity 19 polymer

描述 description	PsaK
分子量 formula_weight	12487.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MTASKMSSFTGLKANTRIPSSRVVQAPVVRSRRSVKVSADFIGSTPNLIMVASTGLCLAAGRFGLAPTVNKFATSGLNLVDKPLGLKTGDPAGFTAVDVLALGSFGHMIGIGIVLGLKATGGL

Entity 20 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3505.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSISESQIFIAIFLALINGFLALRLGSTLYNS

Entity 21 polymer

描述 description	PsaO
分子量 formula_weight	15052.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MATSMKTIRGIPSLSGRVQVSRSGLAGSRLRSGAVRRVTAMSGKGFDKNWLMASPMVNILGFFGWVVPSSTPVPAFDGNSLTGLFFAQIPLEWAHWPTGPALDSPFWLYMVTWHLGLFTCLTLGQIGWNGRKQGYFQ

Entity 22 polymer

描述 description	Lhcb-a
分子量 formula_weight	27003.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,h

MAFSVSANTFAGTLTKGVTKSRQVSVRGAVEWYGPDRAKWLGPYSEGATPGYLTGEFPGDYGWDSAGLASDPQTFAAYREAELMHARWAMMGVAGCLTPELLEKFAGLEFGESVWFKAGGQIFSDGGLDYLGNSGLIHAQSILAIVWIQAVLMGLAEAYRVNGGPLGEDPMYPGGAFDPLGMANDPDTFAELKVKEIKNGRLAMFAMFGFFTQAMQTGKGPVDCWLTHLADPVNNNGFVYATKFFGVKYF

Entity 23 polymer

描述 description	Lhcb-c
分子量 formula_weight	27449.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MASTMMAKSLVGVTVHTPAVRGKASRHVTKAATEWYGPNRALWLGPYSGGDVPDYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPEMFKQNRELEVIHSRWAMLGTVGCLTPELLAKYGNVDLPSPVWFSAGSQIFSDGGIDYLGNPNFVHAQSILAICGIQAVLMSLCEGYRCSGGPLGEPTDSLYPGESFDPFNFAADPETFSELKVKEIKNGRLAMFSMFGYFVQAIVTGKGPVENWAAHIADPANNNIFTDGVITRFAPN

Entity 24 polymer

描述 description	Lhcb-b
分子量 formula_weight	27264.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MATSTMSTALVGTSVKGAIQSRQKTITHAKKKGVEWYGPNRPLWLGPYSANTVPEYLNGEFPGDYGWDTMRLAADPQTFERYREAEVMHARWAMVGVTGCFVPEALNRFAGVDLGETTWFKAGSQIFDSEGLDYLGLLHVKPAGMTGIFVVQVILMGLAEAYRSGGGPLGEGKVYPGEAFDPMGMADDPDTLAELKVKEIKNGRLAMFAMFGNFVQAMQTGKGPVDNWVSHLADPYAANGFAYATKFTPGN

Entity 25 polymer

描述 description	Lhcb-d
分子量 formula_weight	29898.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d,g

MASAAMAQNAIGFQVSTRVSLEAELNSVGASMGLSCTNMVVDASARTQATKQVTRAAVEFYGPDRALWLGPYSEGAVPSYLTGEFPGDYGWDSAGLSADPETFAANRELELIHARWAMLGTVGCLTPEALEKYGGVEFGEAVWFKAGSQIFAEGGLDYLGNPSLVHAQSILAICWTQVVLMGLAEGYRCSGGPLGEATDPLYPGEAFDPMGMADDPETFAELKTKEIKNGRLAMFAMFGFFVQSLQTGKGPVECWAEHIADPVANNGFVYATKFFGAQIF

Entity 26 polymer

描述 description	Lhcb-f
分子量 formula_weight	27946.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MASFLGSTTGLASQTKPAASPARNVVVMRRTMAGSKGDESPWYGPNRGLWLGPFTKVPSYLTGEFAGDYGWDTMGLSSDPETFARYREAEIQHARWAMLGVVGCLTPEALDKFAGVSFGESVWFKAPTQIFTDDGINYLGNEGLIHAQSILAIVFSQALLMGLIEGYRVSGGPAGEGLDLNYPGGDYFDPLGLADDPDTFAELKVKEIKNGRLAMFAMTGFFTQAAITGNGPVQNWLDHLADPANVTGFTYATKFEVGQ

Entity 27 polymer

描述 description	PsaH
分子量 formula_weight	14400.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSVSAAKVSTFVRGTPVRMSAPKAKIQRAPICTAPRAKYGESDRYFDLDDLENTLGSWDMYGQEDQKRYPGLQNEFFERAGESLTRREAIRSVLFLGGGGALLAWGAKGASDVTLPITVGPQKGGEKGPKGKI

Entity 28 polymer

描述 description	Lhcb-i
分子量 formula_weight	30726.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MASVMFEKAIVGTPVQRESVGVQNGSRTTMRVTKTSKGKVTGARKTIRERAGWWQKKDTTSSPWYGPDRNLWMGPLTPTPPSYLTGEFPGDYGWDTMSLSADPETFSRYREAEIQHARWAMLGVVGCLTPEALEKYGGANFGEAVWFKAGTQIFAEGGLDYLGSPNLIHAQSILNILAVQVVLMGLAESYRAGGGPLGKDLDRDYPGGPYFDPLGFADDPDTFAELKVKEIKNGRLAMFAMTGFFVQAVQTGEGPVSNWANHIADPAVANGFAYATKFAPGQ

Entity 29 polymer

描述 description	Lhcb-e
分子量 formula_weight	27045.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MMSSMIAPSVALAPKVIATKQVTRASIEFYGPDRALWLGPYSEGAVPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAANRELELIHARWAMLGVVGCLTPELLSKYSGVEFGEAVWFKAGSQIFAEGGLDYLGNPQLVHAQSILAICWTQVVLMGLAEGYRCSGGPLGEVTDPLYPGEAFDPMGMADDPETFAELKTKEIKNGRLAMFAMFGFFVQALQTGKGPVECWAEHIADPVANNGFVYATKFFGTSFYD

Entity 30 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	130

Entity 31 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	247

Entity 32 non-polymer

描述 description	(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	38

Entity 33 non-polymer

描述 description	Siphonein
分子量 formula_weight	781.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

Entity 34 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

Entity 35 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 36 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 37 non-polymer

描述 description	Siphonaxanthin
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 38 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 39 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 40 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 41 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 42 non-polymer

描述 description	;(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.730 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	213217

fit	/app/data/saxs_computation/jz/9jzr/9jzr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jz/9jzr/9jzr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jz/9jzr/9jzr.dat

Structure of PSI-LHCI-LHCII supercomplex from Bryopsis corticulans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (42)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 polymer

聚合体 Polymer

Entity 23 polymer

聚合体 Polymer

Entity 24 polymer

聚合体 Polymer

Entity 25 polymer

聚合体 Polymer

Entity 26 polymer

聚合体 Polymer

Entity 27 polymer

聚合体 Polymer

Entity 28 polymer

聚合体 Polymer

Entity 29 polymer

聚合体 Polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 non-polymer

Entity 37 non-polymer

Entity 38 non-polymer

Entity 39 non-polymer