9k0g

Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor N-(2-aminophenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k0g
沉积日期 deposition_date	2024-10-15
最后修订 last_revision	2025-10-15
结构标题 title	Structure of Human HDAC2 in complex with inhibitor N-(2-aminophenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamide
关键词 keywords	Histone deacetylase 2, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.22 Å
零角强度 I(0) i0	492218000.00
分子量 molecular_weight	120540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116760 Å³
包络体积 envelope_volume	194150 Å³
水化壳体积 shell_volume	46747 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.16 Å
包络 Rg envelope_rg	34.21 Å
形状 Rg shape_rg	34.23 Å
总 Rg total_rg	34.54 Å
总原子数 total_atoms	9075
残基数 n_residues	1103
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	492200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9069
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.141
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.708
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	91150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.939

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone deacetylase 2
分子量 formula_weight	45998.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.98,3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	10361

MAYSQGGGKKKVCYYYDGDIGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKATAEEMTKYHSDEYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVAGAVKLNRQQTDMAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNFPMRDGIDDESYGQIFKPIISKVMEMYQPSAVVLQCGADSLSGDRLGCFNLTVKGHAKCVEVVKTFNLPLLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVALDCEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTPEYMEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAVHEDSGDEDGEDPDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-(2-aminophenyl)-4-(1-((phenylsulfonyl)methyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)benzamide
分子量 formula_weight	433.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	813

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.136 Å
晶胞边长 b length_b	98.480 Å
晶胞边长 c length_c	139.203 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.620 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1652
R_work r_work	0.1635
R_free r_free	0.1964

fit	/app/data/saxs_computation/k0/9k0g/9k0g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k0/9k0g/9k0g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k0/9k0g/9k0g.dat