9k2a

Structure of ClpP from Staphylococcus aureus in complex with ZY27

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9k2a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9k2a
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9k2a
沉积日期 deposition_date2024-10-17
最后修订 last_revision2025-02-19
结构标题 titleStructure of ClpP from Staphylococcus aureus in complex with ZY27
关键词 keywordsClpP, Staphylococcus aureus, activator, protease, HYDROLASE, ANTIBIOTIC; ANTIBIOTIC
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.93
零角强度 I(0) i02467630000.00
分子量 molecular_weight271550.0 kDa
排除体积 excluded_volume261730 ų
包络体积 envelope_volume526560 ų
水化壳体积 shell_volume98514 ų
包络直径 envelope_diameter124.1
壳层 Rg shell_rg52.56
包络 Rg envelope_rg40.14
形状 Rg shape_rg42.94
总 Rg total_rg43.24
总原子数 total_atoms20551
残基数 n_residues2616
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.7
Rg (实空间) rg_real43.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real2.4680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2820e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2469000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8806
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary65.8
偏度 Skewness skewness-0.218
峰度 Kurtosis kurtosis-0.594
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha375500000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.852; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.946

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (5)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)