SAXSdb — 9k3n

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k3n
沉积日期 deposition_date	2024-10-19
结构标题 title	The structure of Salmonella phage PJNS002
关键词 keywords	structual proteins, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	128.90 Å
零角强度 I(0) i0	271107000000.00
分子量 molecular_weight	4367600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	5419300 Å³
包络体积 envelope_volume	11651000 Å³
水化壳体积 shell_volume	752940 Å³
包络直径 envelope_diameter	351.6 Å
壳层 Rg shell_rg	142.30 Å
包络 Rg envelope_rg	112.40 Å
形状 Rg shape_rg	128.90 Å
总 Rg total_rg	129.10 Å
总原子数 total_atoms	307380
残基数 n_residues	38400
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	292.8 Å
Rg (实空间) rg_real	127.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5950e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4300e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	148.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	294700000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8601
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	195.2 Å
偏度 Skewness skewness	-0.402
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.607
角度范围 angular_range	— – 0.0600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.9900
最高正则化参数 α highest_alpha	8693000000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	13
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.985; Stabil: 0.961; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.347; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	capsid protein F
分子量 formula_weight	48418.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;F,B,H,M,Q,V,Z,DA,HA,LA,PA,TA,XA,BB,FB,JB,NB,RB,VB,ZB,DC,HC,LC,PC,TC,XC,BD,FD,JD,ND,RD,VD,ZD,DE,HE,LE,PE,TE,XE,BF,FF,JF,NF,RF,VF,ZF,DG,HG,LG,PG,TG,XG,BH,FH,JH,NH,RH,VH,ZH,DI ;
原子数 atom_count	307380

MSNVQTSAQRDRIDLSHLGFLSGQIGRLKTVSFSPVIAGDSFELDAVGALRLSPLRRGLAIDSNVDYFTFYIPYRHVYGQTWIDFMKDGVNATPLPTVTTGIDMDQTAYLGTVNPTSGIMPKFLHQSYLNIYNNYFKAPWMPDRTEANPSNLNDADSRYGFRCCHLKTIWSAPLPPQTEIAREMTTGSTTIDIMGLQSAYAKLHTDQERDYFMQRYRDVISSFGGKTSYDADNRPLLLMRSNFWASGYDVDGTDQTSLGQFSGRVQQTFKHAVPRFFVPEHGVIMTLALVRFPPTCTEEHHYLIGKGSLTYTDLAGDPTLVGNLPPREIAMENLFRSGGTGTDQKFKVAESIWYRYHPSYVDSAYHLLEGFPFLQGRPAGNMTERVLIDHTKYDSCFQSTQLGQWNAQAKFNVSVYRSIPTVRDSIMTS

Entity 2 polymer

描述 description	spike protein G
分子量 formula_weight	18864.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;G,C,I,N,R,W,AA,EA,IA,MA,QA,UA,YA,CB,GB,KB,OB,SB,WB,AC,EC,IC,MC,QC,UC,YC,CD,GD,KD,OD,SD,WD,AE,EE,IE,ME,QE,UE,YE,CF,GF,KF,OF,SF,WF,AG,EG,IG,MG,QG,UG,YG,CH,GH,KH,OH,SH,WH,AI,EI ;

MFQEFVSKHNSPFTSLPMVSKSVTPSVTAAPILSTPRNQQVTESFLDLTIATAAGGIASIISVDPSAKADNQVFSVCAHLTGAADLKYWAALVRFESATVPTTVTPTFDLFPIAGTYSNGTYIVKDCATIKTFPNVAGNTVYVGLMLFSNSWVAGKLTGIISINQVRTEITTLQPLK

Entity 3 polymer

描述 description	DNA-binding protein J
分子量 formula_weight	2929.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;J,D,K,O,S,X,BA,FA,JA,NA,RA,VA,ZA,DB,HB,LB,PB,TB,XB,BC,FC,JC,NC,RC,VC,ZC,DD,HD,LD,PD,TD,XD,BE,FE,JE,NE,RE,VE,ZE,DF,HF,LF,PF,TF,XF,BG,FG,JG,NG,RG,VG,ZG,DH,HH,LH,PH,TH,XH,BI,FI ;

MAKSYRRGSSGKKKGSRLWYVGGSQF

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPAPAPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	1521.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	;A,E,L,P,T,Y,CA,GA,KA,OA,SA,WA,AB,EB,IB,MB,QB,UB,YB,CC,GC,KC,OC,SC,WC,AD,ED,ID,MD,QD,UD,YD,CE,GE,KE,OE,SE,WE,AF,EF,IF,MF,QF,UF,YF,CG,GG,KG,OG,SG,WG,AH,EH,IH,MH,QH,UH,YH,CI,GI ;

AAAAA

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	1207.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	;U,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x,y,z,0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,aA,bA,cA,dA,eA,fA,gA,hA,iA,jA,kA,lA,mA,nA,oA,pA,qA,rA,sA,tA,uA,vA,wA ;

AAAA

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.59 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	86486

fit	/app/data/saxs_computation/k3/9k3n/9k3n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k3/9k3n/9k3n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k3/9k3n/9k3n.dat

The structure of Salmonella phage PJNS002

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)