SAXSdb — 9k3s

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k3s
沉积日期 deposition_date	2024-10-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of E coli pstSCAB in the catalytic intermediate state
关键词 keywords	ABC transporter, Phosphate transport, pstSCAB complex, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.56 Å
零角强度 I(0) i0	326965000.00
分子量 molecular_weight	155410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	197820 Å³
包络体积 envelope_volume	261280 Å³
水化壳体积 shell_volume	55044 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.77 Å
包络 Rg envelope_rg	40.33 Å
形状 Rg shape_rg	40.60 Å
总 Rg total_rg	40.68 Å
总原子数 total_atoms	10942
残基数 n_residues	1407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	326900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8254
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.441
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.613
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	113800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.533

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Phosphate transport system permease protein PstA
分子量 formula_weight	32346.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10942

MAMVEMQTTAALAESRRKMQARRRLKNRIALTLSMATMAFGLFWLIWILMSTITRGIDGMSLALFTEMTPPPNTEGGGLANALAGSGLLILWATVFGTPLGIMAGIYLAEYGRKSWLAEVIRFINDILLSAPSIVVGLFVYTIVVAQMEHFSGWAGVIALALLQVPIVIRTTENMLKLVPYSLREAAYALGTPKWKMISAITLKASVSGIMTGILLAIARIAGETAPLLFTALSNQFWSTDMMQPIANLPVTIFKFAMSPFAEWQQLAWAGVLIITLCVLLLNILARVVFAKNKHG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Phosphate transport system permease protein PstC
分子量 formula_weight	34138.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAATKPAFNPPGKKGDIIFSVLVKLAALIVLLMLGGIIVSLIISSWPSIQKFGLAFLWTKEWDAPNDIYGALVPIYGTLVTSFIALLIAVPVSFGIALFLTELAPGWLKRPLGIAIELLAAIPSIVYGMWGLFIFAPLFAVYFQEPVGNIMSNIPIVGALFSGPAFGIGILAAGVILAIMIIPYIAAVMRDVFEQTPVMMKESAYGIGCTTWEVIWRIVLPFTKNGVIGGIMLGLGRALGETMAVTFIIGNTYQLDSASLYMPGNSITSALANEFAEAESGLHVAALMELGLILFVITFIVLAASKFMIMRLAKNEGAR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Phosphate import ATP-binding protein PstB
分子量 formula_weight	28624.8 kDa
EC 编号 ec_number	7.3.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MSMVETAPSKIQVRNLNFYYGKFHALKNINLDIAKNQVTAFIGPSGCGKSTLLRTFNKMFELYPEQRAEGEILLDGDNILTNSQDIALLRAKVGMVFQKPTPFPMSIYDNIAFGVRLFEKLSRADMDERVQWALTKAALWNETKDKLHQSGYSLSGGQQQRLCIARGIAIRPEVLLLDQPCSALDPISTGRIEELITELKQDYTVVIVTHNMQQAARCSDHTAFMYLGELIEFSNTDDLFTKPAKKQTEDYIT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Phosphate-binding protein PstS
分子量 formula_weight	37061.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MKVMRTTVATVVAATLSMSAFSVFAEASLTGAGATFPAPVYAKWADTYQKETGNKVNYQGIGSSGGVKQIIANTVDFGASDAPLSDEKLAQEGLFQFPTVIGGVVLAVNIPGLKSGELVLDGKTLGDIYLGKIKKWDDEAIAKLNPGLKLPSQNIAVVRRADGSGTSFVFTSYLAKVNEEWKNNVGTGSTVKWPIGLGGKGNDGIAAFVQRLPGAIGYVEYAYAKQNNLAYTKLISADGKPVSPTEENFANAAKGADWSKTFAQDLTNQKGEDAWPITSTTFILIHKDQKKPEQGTEVLKFFDWAYKTGAKQANDLDYASLPDSVVEQVRAAWKTNIKDSSGKPLY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1313937

fit	/app/data/saxs_computation/k3/9k3s/9k3s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k3/9k3s/9k3s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k3/9k3s/9k3s.dat

Cryo-EM structure of E coli pstSCAB in the catalytic intermediate state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)