9k71

Three-dimensional structure of homo-dimer of cystathione beta lyase/PLP from Bacillus cereus(BcPatB)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 91.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k71
沉积日期 deposition_date	2024-10-23
结构标题 title	Three-dimensional structure of homo-dimer of cystathione beta lyase/PLP from Bacillus cereus(BcPatB)
关键词 keywords	C-S cleavage reaction, L-cysteine-S-conjugate, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.07 Å
零角强度 I(0) i0	118998000.00
分子量 molecular_weight	88506.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111660 Å³
包络体积 envelope_volume	130830 Å³
水化壳体积 shell_volume	38166 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.11 Å
包络 Rg envelope_rg	28.11 Å
形状 Rg shape_rg	28.06 Å
总 Rg total_rg	28.89 Å
总原子数 total_atoms	6237
残基数 n_residues	763
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	119000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8977
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.906

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	cysteine-S-conjugate beta-lyase
分子量 formula_weight	44391.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.13
突变 mutation	E51K; N66D; Y131C; Q147K; L179I; Q180K; A220E; Q251H; S255A; E286K; Q296K ; W299C; I302M; T304D; A308T; R326A;K328N; N332D; A336K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6343

MQLFHKAINRRGTHSIKWDTYKNEELIHAWIADMDFEVPKPIQTALKQRIKHPIFGYTLPPENIGDIICNWTKQQYDWDIQKEWIVFSAGIVPALSTSIQAFTKENESVLVQPPIYPPFFEMVTTNNRQLCVSPLQKQNDTYVIDFKHLEKQFQQGIKLMLLCSPHNPIGRVWTKEELIKLGSLCTKYNVIVVADEIHSDIIYADHTHTPFASLSEELAERTITCMAPSKTFNIAGLQASIIIIPNEKLRHAFTAIQYRQGFHGLNIFAYTAMQSAYTECNDWLNKIRLYIEDNAKFACEYMKDHIPTLSVTKPEGSFLLWIDCSALNLSQDERTKLLEEKGKIIVEPGEKYGLGGEEHIRINIGCPRSVLEEILNRLRHTFS

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus cereus ATCC 14579
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226900
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.421 Å
晶胞边长 b length_b	84.652 Å
晶胞边长 c length_c	163.376 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.280 Å
最低分辨率 resolution_low	42.330 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2291
R_free r_free	0.3097

fit	/app/data/saxs_computation/k7/9k71/9k71.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k7/9k71/9k71.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k7/9k71/9k71.dat

Three-dimensional structure of homo-dimer of cystathione beta lyase/PLP from Bacillus cereus(BcPatB)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)