9k7b

Cryo-EM structure of human taurine transporter TauT bound with taurine molecules in an inward-open state in the saposin-disc

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 87.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k7b
沉积日期 deposition_date	2024-10-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of human taurine transporter TauT bound with taurine molecules in an inward-open state in the saposin-disc
关键词 keywords	Complex, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.86 Å
零角强度 I(0) i0	50588000.00
分子量 molecular_weight	63791.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83121 Å³
包络体积 envelope_volume	90929 Å³
水化壳体积 shell_volume	31103 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.89 Å
包络 Rg envelope_rg	24.24 Å
形状 Rg shape_rg	23.87 Å
总 Rg total_rg	24.79 Å
总原子数 total_atoms	4503
残基数 n_residues	544
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6654
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.416
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.101
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	9096000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.715; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.184; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Sodium- and chloride-dependent taurine transporter
分子量 formula_weight	71211.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4522

MDYKDDDDKGSGMATKEKLQCLKDFHKDILKPSPGKSPGTRPEDEAEGKPPQREKWSSKIDFVLSVAGGFVGLGNVWRFPYLCYKNGGGAFLIPYFIFLFGSGLPVFFLEIIIGQYTSEGGITCWEKICPLFSGIGYASVVIVSLLNVYYIVILAWATYYLFQSFQKELPWAHCNHSWNTPHCMEDTMRKNKSVWITISSTNFTSPVIEFWERNVLSLSPGIDHPGSLKWDLALCLLLVWLVCFFCIWKGVRSTGKVVYFTATFPFAMLLVLLVRGLTLPGAGAGIKFYLYPDITRLEDPQVWIDAGTQIFFSYAICLGAMTSLGSYNKYKYNSYRDCMLLGCLNSGTSFVSGFAIFSILGFMAQEQGVDIADVAESGPGLAFIAYPKAVTMMPLPTFWSILFFIMLLLLGLDSQFVEVEGQITSLVDLYPSFLRKGYRREIFIAFVCSISYLLGLTMVTEGGMYVFQLFDYYAASGVCLLWVAFFECFVIAWIYGGDNLYDGIEDMIGYRPGPWMKYSWAVITPVLCVGCFIFSLVKYVPLTYNKTYVYPNWAIGLGWSLALSSMLCVPLVIVIRLCQTEGPFLVRVKYLLTPREPNRWAVEREGATPYNSRTVMNGALVKPTHIIVETMM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-AMINOETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	125.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	129662

fit	/app/data/saxs_computation/k7/9k7b/9k7b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k7/9k7b/9k7b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k7/9k7b/9k7b.dat