9k9y

Crystal structure of bicyclogermacrene synthase with FsPP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9k9y
沉积日期 deposition_date	2024-10-28
最后修订 last_revision	2026-05-13
结构标题 title	Crystal structure of bicyclogermacrene synthase with FsPP
关键词 keywords	Terpene synthase, complex with FsPP and Mg, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.93 Å
零角强度 I(0) i0	202999000.00
分子量 molecular_weight	116290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146290 Å³
包络体积 envelope_volume	181750 Å³
水化壳体积 shell_volume	46414 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.87 Å
包络 Rg envelope_rg	31.67 Å
形状 Rg shape_rg	31.91 Å
总 Rg total_rg	32.63 Å
总原子数 total_atoms	8202
残基数 n_residues	979
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.7 Å
Rg (实空间) rg_real	32.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	203000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9112
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.159
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.618
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Bicyclogermacrene synthase
分子量 formula_weight	66560.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.3.100
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8202

MDLAKQISVVDSSLQDVTRNITRPLANFHPNVWGDRFLLNNSDQVQLKMNALDKEEAIEKLKEGVRRKLKEASNDYMRLIQMVDAIQRLGFAYHFEEEIDQALQCLFERHHEYCKDNHDLYANSLSFRLLRQQGYRVSCEIFEKFKDVKGNFMLPNNGEVMGVLEFYEATHLRVHGEDLLDHDFVLSREYLESVLPSLTNPLAEQVDHALHQHSNRRGLSRLEARHYMPVYEQYASHDQYLLKLAKLDFNMLQSLHKEELSELSRWWKGIDVARNLPYARDRIVETYFWILGVYFEPEYAAARKILVKVQSLFSIIDDTFDAYGTFEELQIFTQALERWSISCLDQLPDYMKLIYKTVLEVYDEIEEEMIKQGTSYRTAYGIEAIKSLTRNYFMEAEWREKKYTPTTDEHMRLALKTCGYTSLIIISFLGMGEVVKREAFDWVLSEPDFVKASLTINRLVDDIVGHEDEQKRNHVVSSVECYVQESKTSREDAVYELNSRVESTWKDLNEGFLKPTKFPSPLLYRVLNYSRVIEVMYTKGDWYTNVGPEMQDYIRQLLIDPVNVE

来源 Source

来源生物 organism	Phyla dulcis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	542674
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	S-[(2E,6E)-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.410 Å
晶胞边长 b length_b	131.650 Å
晶胞边长 c length_c	83.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	57.310 Å
R 因子 r_factor	0.2141
R_work r_work	0.2118
R_free r_free	0.2435

fit	/app/data/saxs_computation/k9/9k9y/9k9y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k9/9k9y/9k9y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k9/9k9y/9k9y.dat

Crystal structure of bicyclogermacrene synthase with FsPP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction