9kbx

CryoEM structure of F-actin bound with GAS2-CH3 domain.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 146.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kbx
沉积日期 deposition_date	2024-10-31
最后修订 last_revision	2025-09-10
结构标题 title	CryoEM structure of F-actin bound with GAS2-CH3 domain.
关键词 keywords	Cytoskeleton, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.96 Å
零角强度 I(0) i0	588102000.00
分子量 molecular_weight	197010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	245700 Å³
包络体积 envelope_volume	328340 Å³
水化壳体积 shell_volume	65339 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.5 Å
壳层 Rg shell_rg	46.97 Å
包络 Rg envelope_rg	41.69 Å
形状 Rg shape_rg	41.97 Å
总 Rg total_rg	42.16 Å
总原子数 total_atoms	27440
残基数 n_residues	1756
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.2 Å
Rg (实空间) rg_real	42.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0180e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	588100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8676
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.428
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.185
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	82830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.891

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Growth arrest-specific protein 2
分子量 formula_weight	18847.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	27440

MMCTALSPKVRSGPGLSDMHQYSQWLASRHEANLLPMKEDLALWLTNLLGKEITAETFMEKLDNGALLCQLAATVQEKFKESMDANKPAKTLPLKKIPCKASAPSGSFFARDNTANFLSWCRDLGVDETCLFESEGLVLHKQPREVCLCLLELGRIAARYGVEPPGLIKL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	41227.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,J,K,L

TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	412176

fit	/app/data/saxs_computation/kb/9kbx/9kbx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kb/9kbx/9kbx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kb/9kbx/9kbx.dat

CryoEM structure of F-actin bound with GAS2-CH3 domain.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)