9kc5

PSI-LHCI of the red alga Galdieria sulphuraria NIES-3638

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 177.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kc5
沉积日期 deposition_date	2024-11-01
结构标题 title	PSI-LHCI of the red alga Galdieria sulphuraria NIES-3638
关键词 keywords	Photosystem I, ELECTRON TRANSPORT, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.54 Å
零角强度 I(0) i0	6341260000.00
分子量 molecular_weight	529860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	558210 Å³
包络体积 envelope_volume	920850 Å³
水化壳体积 shell_volume	134430 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.5 Å
壳层 Rg shell_rg	61.31 Å
包络 Rg envelope_rg	54.25 Å
形状 Rg shape_rg	53.55 Å
总 Rg total_rg	53.68 Å
总原子数 total_atoms	40827
残基数 n_residues	3527
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.7 Å
Rg (实空间) rg_real	53.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1420e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6342000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8589
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.368
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.190
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	769000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.705

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (32)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	82529.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	41435

KVLIDRNVVPTNFEKWSKPGHFSRSLAKGPKTTTWIWNLHADAHDFDSHTNSLEEISRKIFSAHFGQLAVIFIWLSGMYFHGAKFSNYVAWLNNPINIKPSAQVVWPIIGQEILNADVGGGFQGIQITSGLFQLWRASGITNEMQLYVTAIGGLFMASLMLFAGWFHYHKAAPKLEWFQNVESMLNHHLAGLLGLGSLGWTGHLIHVSLPINKLLDSGIVPAQIPLPHEFILNRNLMSELYPSFNKGLLPFFTLNWNEYNDFLTFKGGLNPVTGGLWLTDIAHHHLAIAVIFIIAGHMYRTNWSIGHSLKEILDAHKGPFTGEGHRGLFEILTTSWHAQLAINLAMLGSLSIIVAHHMYAMPPYPYLATDYPTQLSLFTHHMWIGGFCIVGAGAHAAIFMVRDYSPAQNYNNLLDRVIRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMRALGRPQDMFSDVAIQLQPIFAQWIQNCHSIAPGNTAPNVLATTSYVFGGDIISVGNKIAIMPMSLGTADFMVHHIHAFTIHVTALILLKGVLFARNSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTISSSGDISHITRGNFAQSAITINGWLRDFLWAQASQVIQSYGSSSSAYGLMFLGAHFVWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPSIQPRALSITQGRAVGVAHYLLGGIATTWAFFLARIIAIG

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	82418.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VTKFPKFSQALAQDPTTRRIWYGIATAHDFESHDNITEENLYQRIFASHFGHLAIIFLWTSGNLFHVAWQGNFEKWILNPTKIKPIAHAIWDPHFGQAALKAFSQTGVDYPTNISYSGLYHWWYTIGIRTNNDLYLGALFLLVISGLFLFAGWLHLQPKFKPSLAWFKNNESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLVHVAIPEARGQHVGWDNFLSTKPHPAGLEPFFKGQWSVYADGPDSMNHVFNTSEGAGKAILTFLGGFHPQTKSLWLTDIAHHHLAIAVIFIIAGHMYRTNWSIGHSLKEILDAHRAPGGRLGDGHKGLFETINNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYAMPSYVFIANDFTTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFIRDYNPEQNKNNVLARMLEHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGIYVHNDVVVAFGSPEKQILIEPVFAQWIQAASGKALYGFNILLSSSDSVATRAGESLWLPGWLKGVNDTNNSLFLDIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTLGWLTFYWHWKHLTLWGGNVNQFNESSTYLMGWFRDYLWLNSSPLINGYNPYGVNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETLAWAHERTPLANLIKWKDKPVALSIVQARLVGLAHFAVGYILTYAPFVIASTVGKF

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8719.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

AHNVKIYDTCIGCTQCVRACPCDVLEMVPWDGCKALQIASAPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETSRSMGLAY

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15669.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

TLNLKMPSPSFGGSTGGWLRSAENEEKYAITWISKNEEVFEMPTAGAALMRSGENLLYFARKEQCLSLGTQLKTQFKIDNYKIYRVFPNGEIQYLHPKDGVFPEKVNEGRKAINTLTRSIGKNPDPVVVKFINKQTFE

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I subunit IV
分子量 formula_weight	7330.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MVQKGSKVKILRKESYWYQEIGNVVTVEKSGIKYPIIVRFDKVNYAGVNTNNFASEEVIEIEAP

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	18254.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

EFNNLIPCKESKIFNKRLESTIKKLENKLSKYEVGSSSYLAIKNTINKTNNRFHKYMESGVLCGKDGLPHLIADGRWSHAGEFVIPSLLFIYISGWIGWVGRGYLSAIKNTNKAIENEIIIDVPLALKFMSSGFIWPLSALREYTKGDLLMKDSEVTISPR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	3879.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MTASYLPSILVPIIGLVFPFISMALFFIYVEQEE

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4754.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MNKDLLKYLSTAPVLGVIWIAITAAIIVEFNRLYPDALFFPL

Entity 9 polymer

描述 description	PSI-K
分子量 formula_weight	6874.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

SASTSIIFIVVNTICIILGKYSIQNKKNQVSLIANINLAELLASMSLGHIISSATVIGLKSLNII

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	15206.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DFIKPYNDDPFVGNLATPINTSSLTKNLLGNLPIYRRRLSPLLRGLEIGMAHGYFFIGPFYKLGPLRNSEIALLSGFLSCVGLIIFLTVGLLLYGNTSFDKDESKDQLQTSEGWNQFTAGFLVGAIGGAGFAYLILVNL

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3067.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MINDSQIFIALILSLVPAVLALKLAREL

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem I subunit O
分子量 formula_weight	10522.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

FQISEDTPFDANPLVIIVALLGWTLPASIPSNIPILHGTGLTQAFFTSIQSNLAEWPKGPALDDPFWLYMVLWHVGLFIVLFFGTIGYGISKNRV

Entity 13 polymer

描述 description	Psa28
分子量 formula_weight	9030.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

KDTFWTGKVPPSTVLGIGEKVPSAAYIISSVVCLLVGSYCVYESNLLSPLTVTTINPLYVLGSLLVPYSWGLHVAGWIQLKNGK

Entity 14 polymer

描述 description	RedCAP
分子量 formula_weight	19435.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

LGIFRQAMKDFASEYPDFVSRGLGVTSKAERWNGRHAMFGLLAIVLTGYAKGHGWIPNADQVLDMQQWGTLVMEGFNQKITNERAIVLVAHIHVLLVSIAAAIAPFSFQDRLLLRPGEKDEEPAGLLPPFKLGLTKEAELWNGRLAMLGVTFIVATSIITGQSILDVVNKGLGNILY

Entity 15 polymer

描述 description	Light-harvesting complex protein
分子量 formula_weight	18228.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SRALPFLEAPKKLDGKIPGDAGFDPLYISDNMNLDYLRASEIKHCRVAMLAALGYITQEFFHLPGDVFNEKHALAAIHKVPIEGWIQIILFISLVEIATFRTTFSFDREPGDFGFDPLGLAKSPQLRRRYQESEIRNGRLAMIAVIGFIVQELVTGKSVVEQ

Entity 16 polymer

描述 description	Light-harvesting complex protein
分子量 formula_weight	14670.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GFDPLGFSTIIDLRYLRESELKHCRIAMLAVVGFIVQEFIHLPGDLFSNPHPMQAIGQVPISGWIQIFLLVAILEMIDIAAIKETLQGNREPGYFGFDPLGLAKDKQAHDRYLLSELKNGRLAMIASIAFM

Entity 17 polymer

描述 description	Light-harvesting complex protein
分子量 formula_weight	19949.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

RMSKAIPFFPKPARLDESMPGYAGFDPLGFSDKFDVKFLQEAEIKHCRICMLAALGWVVPEFWHLPSEVFSNTSPLAALGQVPKLGLIQILLLVLALEAISLDKITFHPEKEPGDFGFDPLGLGKGNAKKWMQTAELKNGRLAMIAMGAFFHQNLLTNQGIFEQLRTHNFFPTTFPLH

Entity 18 polymer

描述 description	Light-harvesting complex protein
分子量 formula_weight	19901.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

TKSLSVPFLERPKNLDGTAPGDVGFDPLYISDLLDIQWLRESEIKHGRICMLAAVGFIVQEFVHLPGEVFSNKVAIDALFQVPSGGLWQIFLFIGLLEFVMNKGKMTPLDMFSDPNRKPGDFGFDPLGLGKDPQARKRYEVAEIKNGRLAMLAVGGFIHHMLLTHQGVVEQLTHFRSL

Entity 19 polymer

描述 description	Light-harvesting complex protein
分子量 formula_weight	20512.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

KPKWSKALPFMLWPQNLDGTMAGDVGFDPFGFTNVFDVKWMREAELKHCRIAMLAALGFIVQELWTFPYPYFSKVPPVLAHDVYVKTGGMSQILLFVIFFEVISLFAVSQMMEGKREPGVFHFDPLGLAKDPDTFRKYEWSELRNGRLAMIAVGGFIHQYWVTKQGIFEQLANFRPLS

Entity 20 polymer

描述 description	Light-harvesting complex protein
分子量 formula_weight	18787.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

KSKAIPFLDRPPALDGSMVGDVGFDPLNISSYLDLRWLRESEIKHCRIAMLAVVGWFVQEVYHLPNEIYSSSVPTEAFWKTLVTGPMGQIVLWTSLFEMISTPAVIQMLQGSGREPGYFGFDPLGLGKNPELYKRFQLSELKNGRLAMIAIGGLIHQSFLTHMGAIQQ

Entity 21 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 22 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	167

Entity 23 non-polymer

描述 description	Coenzyme Q4
分子量 formula_weight	454.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 24 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 25 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 26 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 27 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	52

Entity 28 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 29 non-polymer

描述 description	Zeaxanthin
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

Entity 30 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 31 non-polymer

描述 description	(3R)-beta,beta-caroten-3-ol
分子量 formula_weight	552.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 32 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	608

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	204.540 Å
R 因子 r_factor	0.2463
R_work r_work	0.2463
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	110313

fit	/app/data/saxs_computation/kc/9kc5/9kc5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kc/9kc5/9kc5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kc/9kc5/9kc5.dat

PSI-LHCI of the red alga Galdieria sulphuraria NIES-3638

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (32)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)