9kce

Crystal Structure of the ATP analog-bound closed state of Thermotoga maritima MutS2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 167.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kce
沉积日期 deposition_date	2024-11-01
最后修订 last_revision	2025-09-10
结构标题 title	Crystal Structure of the ATP analog-bound closed state of Thermotoga maritima MutS2
关键词 keywords	ATPase, MutS family, MutS2, homologous recombination, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.84 Å
零角强度 I(0) i0	685771000.00
分子量 molecular_weight	217910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	273320 Å³
包络体积 envelope_volume	402260 Å³
水化壳体积 shell_volume	68848 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.2 Å
壳层 Rg shell_rg	51.89 Å
包络 Rg envelope_rg	48.22 Å
形状 Rg shape_rg	50.81 Å
总 Rg total_rg	50.98 Å
总原子数 total_atoms	15326
残基数 n_residues	1963
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	167.1 Å
Rg (实空间) rg_real	50.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	685500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8164
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.406
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.446
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Endonuclease MutS2
分子量 formula_weight	56637.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,A,D
原子数 atom_count	15522

MDYLESLDFPKVVEIVKKYALSDLGRKHLDTLKPTVNPWDELELVEELLNYFNRWGEPPIKGLNDISQEVEKVKSGSPLEPWELLRVSVFLEGCDILKKEFEKREYSRLKETFSRLSSFREFVEEVNRCIEQDGEISDRASPRLREIRTEKKRLSSEIKRKADDFVRTHSQILQEQMYVYRDGRYLFPVKASMKNAVRGIVHHLSSSGATVFLEPDEFVELNNRVRLLEEEERLEISRILRQLTNILLSRLNDLERNVELIARFDSLYARVKFAREFNGTVVKPSSRIRLVNARHPLIPKERVVPINLELPPNKRGFIITGPNMGGKTVTVKTVGLFTALMMSGFPLPCDEGTELKVFPKIMADIGEEQSIEQSLSTFSSHMKKIVEIVKNADSDSLVILDELGSGTDPVEGAALAIAIIEDLLEKGATIFVTTHLTPVKVFAMNHPLLLNASMEFDPETLSPTYRVLVGVPGGSHAFQIAEKLGLDKRIIENARSR

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima MSB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	188

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.740 Å
晶胞边长 b length_b	142.850 Å
晶胞边长 c length_c	139.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	48.950 Å
R 因子 r_factor	0.2214
R_work r_work	0.2207
R_free r_free	0.2644

fit	/app/data/saxs_computation/kc/9kce/9kce.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kc/9kce/9kce.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kc/9kce/9kce.dat