9kea

Crystal structure of LnzB (Streptomyces spp. )

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kea
沉积日期 deposition_date	2024-11-04
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	Crystal structure of LnzB (Streptomyces spp. )
关键词 keywords	heme-iron dependent, N-N bond formation enzyme, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.72 Å
零角强度 I(0) i0	145786000.00
分子量 molecular_weight	95433.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118890 Å³
包络体积 envelope_volume	145650 Å³
水化壳体积 shell_volume	39518 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.48 Å
包络 Rg envelope_rg	30.87 Å
形状 Rg shape_rg	30.77 Å
总 Rg total_rg	31.15 Å
总原子数 total_atoms	6689
残基数 n_residues	818
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	145800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8723
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.419
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.291
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.867

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	FMN-binding negative transcriptional regulator
分子量 formula_weight	24873.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7055

SMYVPEQYRPRDASWTLELIRSNPLALLVTNGPQHPWATHVPVLFAEEPDGPEGPDGLDATGDDLVGRRLLGHLNLMNPHWEALAGAGHALLVFQGPGSYVSPTVYETAPAAPTWDFTSVHVHGALRLIDDPDDLRKIVQATVRAYEREVGTDWDMSESLEYFERLLPGVRGFEIKIESVDSMFKLSQEQLPETVTKVIDSFRRSDGGRRQELATMIERAASD

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces parvus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	66428
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	366

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	107.621 Å
晶胞边长 b length_b	162.475 Å
晶胞边长 c length_c	59.032 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	49.315 Å
R 因子 r_factor	0.2078
R_work r_work	0.2064
R_free r_free	0.2415

fit	/app/data/saxs_computation/ke/9kea/9kea.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ke/9kea/9kea.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ke/9kea/9kea.dat

Crystal structure of LnzB (Streptomyces spp. )

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction