SAXSdb — 9kep

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kep
沉积日期 deposition_date	2024-11-05
最后修订 last_revision	2025-04-23
结构标题 title	RABV-G-PHD-FD/NM57-scFv
关键词 keywords	Rabies virus, Glycoprotein, Neutralizing antibody, SO57, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.75 Å
零角强度 I(0) i0	32918400.00
分子量 molecular_weight	42509.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52552 Å³
包络体积 envelope_volume	65258 Å³
水化壳体积 shell_volume	23934 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.87 Å
包络 Rg envelope_rg	23.96 Å
形状 Rg shape_rg	23.72 Å
总 Rg total_rg	24.58 Å
总原子数 total_atoms	2984
残基数 n_residues	392
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	32920000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8921
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.318
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.393
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	7345000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.996

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	NM57-scFv light chain
分子量 formula_weight	12104.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2984

QSALTQPRSVSGSPGQSVTISCTGTSSDIGGYNFVSWYQQHPGKAPKLMIYDATKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCCSYAGDYTPGVVFGGGTKLTVLGQPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	RABV-G-PHD-FD
分子量 formula_weight	27081.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LVVEDEGCTNLSEFSYMELKVGYISAIKVNGFTCTGVVTEAETYTGGSGGTTFKRKHFRPTPDACRAAYNWLMAGDPRYEESLHNPYGGSGGRTTKESLIIISPSVTDLDPYDKSLHSRVFPGGKCSGITVSSTYCSTNHDYTIWMPENPRPRTPCDIFTNSRGKRASNGNKTCGFVDERGLYKSLKGACRLKLCGVLGLRLMDGTWVAMQTSDETKWCPPDQLVNLHDFRSDEIEHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rabies virus CVS-11
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11294
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 3 polymer

描述 description	NM57-scFv heavy chain
分子量 formula_weight	13927.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFNRYTVNWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQRFQGRLTITADESTSTAYMELSSLRSDDTAVYFCARENLDNSGTYYYFSGWFDPWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.330 Å
晶胞边长 b length_b	49.480 Å
晶胞边长 c length_c	100.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	29.790 Å
R 因子 r_factor	0.2355
R_work r_work	0.2334
R_free r_free	0.2811

fit	/app/data/saxs_computation/ke/9kep/9kep.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ke/9kep/9kep.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ke/9kep/9kep.dat

RABV-G-PHD-FD/NM57-scFv

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)