9kf4

Crystal structure of Streptomyces sp. sulfotransferase Cpz4 involved in Caprazamycins Synthesis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kf4
沉积日期 deposition_date	2024-11-05
最后修订 last_revision	2025-11-05
结构标题 title	Crystal structure of Streptomyces sp. sulfotransferase Cpz4 involved in Caprazamycins Synthesis
关键词 keywords	sulfotransferase, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.05 Å
零角强度 I(0) i0	43392400.00
分子量 molecular_weight	49869.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61813 Å³
包络体积 envelope_volume	74082 Å³
水化壳体积 shell_volume	26429 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.44 Å
包络 Rg envelope_rg	24.60 Å
形状 Rg shape_rg	24.02 Å
总 Rg total_rg	24.84 Å
总原子数 total_atoms	6920
残基数 n_residues	463
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.4 Å
Rg (实空间) rg_real	24.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8265
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.600
峰度 Kurtosis kurtosis	0.119
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	13770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.637; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.844; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Sulfotransferase
分子量 formula_weight	50931.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7803

MGHHHHHHGGHPLSLVTRPDLLPPAIDVRESAPGTSPGYVFLAPKTGDVLQGPGTLQSGPMIVDNEGEPVWFLPRGIGALNYVTAFQRQTYRGEPVLTWWEGAPLPTGVGVGYWVVMDQSYREIARIRAGKGHAGADLHDMQITPDNTALVLIAEPQLHRVDGHARLVMNNIVQEIDIASGTVLHEWDSLRHVDVDESYLSSIPLLPYDYVHINSMSVDTDGNLLLSGRNTHAVYKVDRHSGDIIWRLGGKKNDFTMEKGASFAWQHDVSREGDGTLSVFDNAAAGSIETGGGAPPGTVSRALFLSVDTEARTARVDRSYTSPDGLLSTSQGSMQLLPNGNVLVGWGSHGYYTEYADSGEVLMNASFKDPLVNSYRALRFPWHGRPTDSPAVAGRAGAHGMTVHASWNGATEVASWRILAGDTPQSLSGVKEVPKDAFETSATVAHTSSYVAVQALDSTGRVLGTSKASRVR

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1931
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	399

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.150 Å
晶胞边长 b length_b	98.150 Å
晶胞边长 c length_c	219.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	47.890 Å
R 因子 r_factor	0.1662
R_work r_work	0.1648
R_free r_free	0.1976

fit	/app/data/saxs_computation/kf/9kf4/9kf4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kf/9kf4/9kf4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kf/9kf4/9kf4.dat

Crystal structure of Streptomyces sp. sulfotransferase Cpz4 involved in Caprazamycins Synthesis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction