9kgj

Discovery of an orally bioavailable reversible covalent SARS-CoV-2 Mpro inhibitor with pan-coronavirus activity

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kgj
沉积日期 deposition_date	2024-11-08
结构标题 title	Discovery of an orally bioavailable reversible covalent SARS-CoV-2 Mpro inhibitor with pan-coronavirus activity
关键词 keywords	Protease, COV2, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBOTOR complex; HYDROLASE/INHIBOTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.84 Å
零角强度 I(0) i0	140014000.00
分子量 molecular_weight	62310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60193 Å³
包络体积 envelope_volume	100460 Å³
水化壳体积 shell_volume	32231 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.30 Å
包络 Rg envelope_rg	25.84 Å
形状 Rg shape_rg	25.84 Å
总 Rg total_rg	26.43 Å
总原子数 total_atoms	4692
残基数 n_residues	597
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	140000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7241
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.111
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.591
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.199; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	3C-like proteinase nsp5
分子量 formula_weight	34237.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5094

GPLGSSGFRKMAFPSGKVEGCMVQVTCGTTTLNGLWLDDVVYCPRHVICTSEDMLNPNYEDLLIRKSNHNFLVQAGNVQLRVIGHSMQNCVLKLKVDTANPKTPKYKFVRIQPGQTFSVLACYNGSPSGVYQCAMRPNFTIKGSFLNGSCGSVGFNIDYDCVSFCYMHHMELPTGVHAGTDLEGNFYGPFVDRQTAQAAGTDTTITVNVLAWLYAAVINGDRWFLNRFTTTLNDFNLVAMKYNYEPLTQDHVDILGPLSAQTGIAVLDMCASLKELLQNGMNGRTILGSALLEDEFTPFDVVRQCSGVTFQ

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;(S)-3-((S)-3-cyclobutyl-2-((R)-2-cyclopentyl-N-methyl-2-pivalamidoacetamido)propanamido)-N-cyclopropyl-2-oxo-4-((S)-2-oxopiperidin-3-yl)butanamide ;
分子量 formula_weight	534.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

XXXX

Entity 3 non-polymer

描述 description	cyclopropylcarbamic acid
分子量 formula_weight	101.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	402

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.969 Å
晶胞边长 b length_b	99.698 Å
晶胞边长 c length_c	59.828 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.370 Å
最低分辨率 resolution_low	46.960 Å
R 因子 r_factor	0.2159
R_work r_work	0.2154
R_free r_free	0.2476

fit	/app/data/saxs_computation/kg/9kgj/9kgj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kg/9kgj/9kgj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kg/9kgj/9kgj.dat

Discovery of an orally bioavailable reversible covalent SARS-CoV-2 Mpro inhibitor with pan-coronavirus activity

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)