9kkt

;Structure-guided interface engineering for modifying substrate binding and catalytic activity of 2-keto-3-deoxy-D-xylonate dehydratase ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kkt
沉积日期 deposition_date	2024-11-14
结构标题 title	;Structure-guided interface engineering for modifying substrate binding and catalytic activity of 2-keto-3-deoxy-D-xylonate dehydratase ;
关键词 keywords	apo, CARBOHYDRATE; CARBOHYDRATE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.72 Å
零角强度 I(0) i0	108082000.00
分子量 molecular_weight	81486.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102060 Å³
包络体积 envelope_volume	120070 Å³
水化壳体积 shell_volume	37223 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.59 Å
包络 Rg envelope_rg	25.92 Å
形状 Rg shape_rg	25.73 Å
总 Rg total_rg	26.63 Å
总原子数 total_atoms	5741
残基数 n_residues	759
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	108100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9094
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.153
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.513
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Fumarylacetoacetate hydrolase family protein
分子量 formula_weight	41166.6 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	6375

GVSEFLPEDWKAATLLGRIDFGEGPTPVLVRGGRVEDVSKIAPTVADLMNAFQPGAVIPRGEDKGPLEALDIRPVWEDPDGAAPVKLLAPVDLQCLKAAGVTFAVSTLERVIEERARGDAGEALKIRTLLAERMGGDLKSVEPGSQGAQRLKDALIADGLWSQYLEVAIGPDAEIFTKGPTLSSMGWGDQVGVRYDSHWNNPEPEVVLLCDGSGLIRGAALGNDVNLRDFEGRSALLLSKAKDNNASCAIGPFFRLFDETFGLDDVRSAEVELKITGRDNFVLDGKSNMSLISRDPAVLAGQAYGKQHQYPDGFALFLGTMFAPIQDRDTPGQGFTHKVGDRVRVSTPKLGVLENEVTTCDKAKPWTFGISALIRNLAGRGLL

来源 Source

来源生物 organism	Caulobacter vibrioides NA1000
通用名 common_name	Caulobacter crescentus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	565050
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID
分子量 formula_weight	130.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	634

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.160 Å
晶胞边长 b length_b	102.160 Å
晶胞边长 c length_c	211.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	31.060 Å
R 因子 r_factor	0.1767
R_work r_work	0.1751
R_free r_free	0.2076

fit	/app/data/saxs_computation/kk/9kkt/9kkt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kk/9kkt/9kkt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kk/9kkt/9kkt.dat

;Structure-guided interface engineering for modifying substrate binding and catalytic activity of 2-keto-3-deoxy-D-xylonate dehydratase ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction