SAXSdb — 9kmn

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kmn
沉积日期 deposition_date	2024-11-16
结构标题 title	Structure of hSGLT2-MAP17 complex in the substrate-bound inward-facing conformation
关键词 keywords	glucose transporter, SGLT, sodium glucose transporter, membrane protein, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.53 Å
零角强度 I(0) i0	194346000.00
分子量 molecular_weight	75606.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73848 Å³
包络体积 envelope_volume	130650 Å³
水化壳体积 shell_volume	37230 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.25 Å
包络 Rg envelope_rg	30.50 Å
形状 Rg shape_rg	29.52 Å
总 Rg total_rg	29.98 Å
总原子数 total_atoms	5738
残基数 n_residues	825
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	194300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8510
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	101.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.567
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.021
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.904

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Sodium/glucose cotransporter 2
分子量 formula_weight	72949.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5741

MEEHTEAGSAPEMGAQKALIDNPADILVIAAYFLLVIGVGLWSMCRTNRGTVGGYFLAGRSMVWWPVGASLFASNIGSGHFVGLAGTGAASGLAVAGFEWNALFVVLLLGWLFAPVYLTAGVITMPQYLRKRFGGRRIRLYLSVLSLFLYIFTKISVDMFSGAVFIQQALGWNIYASVIALLGITMIYTVTGGLAALMYTDTVQTFVILGGACILMGYAFHEVGGYSGLFDKYLGAATSLTVSEDPAVGNISSFCYRPRPDSYHLLRHPVTGDLPWPALLLGLTIVSGWYWCSDQVIVQRCLAGKSLTHIKAGCILCGYLKLTPMFLMVMPGMISRILYPDEVACVVPEVCRRVCGTEVGCSNIAYPRLVVKLMPNGLRGLMLAVMLAALMSSLASIFNSSSTLFTMDIYTRLRPRAGDRELLLVGRLWVVFIVVVSVAWLPVVQAAQGGQLFDYIQAVSSYLAPPVSAVFVLALFVPRVNEQGAFWGLIGGLLMGLARLIPEFSFGSGSCVQPSACPAFLCGVHYLYFAIVLFFCSGLLTLTVSLCTAPIPRKHLHRLVFSLRHSKEEREDLDADEQQGSSLPVQNGCPESAMEMNEPQAPAPSLFRQCLLWFCGMSRGGVGSPPPLTQEEAAAAARRLEDISEDPSWARVVNLNALLMMAVAVFLWGFYA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	PDZK1-interacting protein 1
分子量 formula_weight	12265.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSALSLLILGLLMAVPPASCQQGLGNLQPWMQGLIAVAVFLVLVAIAFAVNHFWCQEEPEPAHMILTVGNKADGVLVGTDGRYSSMAASFRSSEHENAYENVPEEEGKVRSTPM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	mFab90-H
分子量 formula_weight	9975.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 4 polymer

描述 description	mFab90-L
分子量 formula_weight	9051.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXPXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-fluoranyl-6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4-triol
分子量 formula_weight	182.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.47 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	376800

fit	/app/data/saxs_computation/km/9kmn/9kmn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/km/9kmn/9kmn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/km/9kmn/9kmn.dat

Structure of hSGLT2-MAP17 complex in the substrate-bound inward-facing conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)