9ko5

;Crystal structure of Agrobacterium tumefaciens PmtA with 5'-methylthioadenosine ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ko5
沉积日期 deposition_date	2024-11-19
结构标题 title	;Crystal structure of Agrobacterium tumefaciens PmtA with 5'-methylthioadenosine ;
关键词 keywords	Phospholipid N-mehyltransferase, Phosphatidylcholine, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.74 Å
零角强度 I(0) i0	80500400.00
分子量 molecular_weight	74007.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94135 Å³
包络体积 envelope_volume	118050 Å³
水化壳体积 shell_volume	33159 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.78 Å
包络 Rg envelope_rg	29.27 Å
形状 Rg shape_rg	29.74 Å
总 Rg total_rg	30.43 Å
总原子数 total_atoms	5225
残基数 n_residues	665
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	80500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9057
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.089
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.692
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.955

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Methyltransferase
分子量 formula_weight	19043.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5724

GPQPKKVGAIVPTSSITAKKMASVINPHSGLPVLELGPGTGVITKAILARGIKPESLTAIEYSTDFYNQLLRSYPGVNFVNGDAFDLDATLGEHKGQMFDSVISAVPMLNFPMAARIKLLDELLKRVPHGRPVVQISYGPISPIVAQPHLYHIRHFDFIVRNIPPAQLWTYTRA

来源 Source

来源生物 organism	Agrobacterium tumefaciens (strain C58)
通用名 common_name	Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	176299
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE
分子量 formula_weight	297.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	499

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.611 Å
晶胞边长 b length_b	76.394 Å
晶胞边长 c length_c	87.227 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.040 Å
最低分辨率 resolution_low	46.700 Å
R 因子 r_factor	0.1722
R_work r_work	0.1703
R_free r_free	0.2091

fit	/app/data/saxs_computation/ko/9ko5/9ko5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ko/9ko5/9ko5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ko/9ko5/9ko5.dat

;Crystal structure of Agrobacterium tumefaciens PmtA with 5'-methylthioadenosine ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction