SAXSdb — 9ko7

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ko7
沉积日期 deposition_date	2024-11-20
最后修订 last_revision	2025-11-26
结构标题 title	Crystal structure of chicken ACE2
关键词 keywords	chicken ACE2, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.78 Å
零角强度 I(0) i0	688413000.00
分子量 molecular_weight	213580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	265690 Å³
包络体积 envelope_volume	349180 Å³
水化壳体积 shell_volume	69132 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.06 Å
包络 Rg envelope_rg	40.14 Å
形状 Rg shape_rg	40.77 Å
总 Rg total_rg	41.19 Å
总原子数 total_atoms	15044
残基数 n_residues	1788
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	688500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9019
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.137
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.657
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	162100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.888

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme
分子量 formula_weight	69359.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,A
原子数 atom_count	15044

DVTQEAQTFLAEFNVRAEDISYENSLASWNYNTNITEETARKMSEAGAKWAAFYEEASRNASRFSLANIQDAVTRLQIQSLQDRGSSVLSPEKYSRLNSVMNSMSTIYSTGVVCKATEPFDCLVLEPGLDDIMANSIDYHERLWAWEGWRADVGRMMRPLYEEYVELKNEAARLNNYSDYGDYWRANYETDYPEEYKYSRDQLVQDVEKTFEQIKPLYQHLHAYVRHRLEQVYGSELINPTGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYNLTVPYPEKPNIDVTSAMAQKNWDAMKIFKTAEAFFASIGLYNMTEGFWTNSMLTEPTDNRKVVCHPTAWDMGKNDYRIKMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIEYDMAYSVQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPQHLKSLDLLEPTFQEDEETEINFLLKQALTIVGTMPFTYMLEKWRWMVFNGEITKQEWTKRWWKMKREIVGVVEPVPHDETYCDPAALFHVANDYSFIRYYTRTIYQFQFQEALCKAANHTGPLHKCDITNSTAAGGNLRQLLELGKSKPWTQALESATGEKYMNATPLLHYFEPLFNWLQKNNSGRSIGWNTDWTPYSD

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	169.983 Å
晶胞边长 b length_b	92.781 Å
晶胞边长 c length_c	152.709 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.270 Å
最低分辨率 resolution_low	44.270 Å
R 因子 r_factor	0.2425
R_work r_work	0.2394
R_free r_free	0.2959

fit	/app/data/saxs_computation/ko/9ko7/9ko7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ko/9ko7/9ko7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ko/9ko7/9ko7.dat

Crystal structure of chicken ACE2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction