9kos

Crystal structure of RaTG13 RBD complexed with sheep ACE2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kos
沉积日期 deposition_date	2024-11-21
最后修订 last_revision	2025-11-26
结构标题 title	Crystal structure of RaTG13 RBD complexed with sheep ACE2
关键词 keywords	RaTG13 RBD, sheep ACE2, VIRAL PROTEIN/HYDROLASE, VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex; VIRAL PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.46 Å
零角强度 I(0) i0	132409000.00
分子量 molecular_weight	91752.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114680 Å³
包络体积 envelope_volume	141160 Å³
水化壳体积 shell_volume	39627 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.71 Å
包络 Rg envelope_rg	30.48 Å
形状 Rg shape_rg	30.43 Å
总 Rg total_rg	31.10 Å
总原子数 total_atoms	6472
残基数 n_residues	791
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6490
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.513
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.027
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.926

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme
分子量 formula_weight	69745.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6472

STTEGQAKTFLEKFNHEAEDLSYQSSLASWNYNTNITDENVQKMNEARAKWSAFYEEQSRMARTYSLEEIQNLTLKRQLKALQHSGTSVLSAEKSKRLNTILNKMSTIYSTGKVLDPNTQECLALEPGLDDIMENSRDYNRRLWAWEGWRAEVGKQLRPLYEEYVVLENEMARANNYEDYGDYWRGDYEVTGAGDYDYSRDQLMKDVERTFEEIKPLYEQLHAYVRAKLMDTYPSYISPTGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFEHKPSIDVTEKMKNQSWDAERIFKEAEKFFVSIGLPYMTQGFWDNSMLTEPGDGRKVVCHPTAWDLGKGDFRIKMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYATQPYLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPHYLKALGLLAPDFYEDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKQQWMEKWWEMKREIVGVVEPLPHDETYCDPACLFHVAEDYSFIRYYTRTIYQFQFHEALCKTAKHEGALFKCDISNSTEAGQRLLQMLRLGKSEPWTLALENIVGIKTMDVKPLLNYFEPLFTWLKEQNRNSFVGWSTEWTPYSD

来源 Source

来源生物 organism	Ovis aries
通用名 common_name	sheep
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9940
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	RaTG13 RBD
分子量 formula_weight	21956.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

TNLCPFGEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSTSFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVITGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSKHIDAKEGGNFNYLYRLFRKANLKPFERDISTEIYQAGSKPCNGQTGLNCYYPLYRYGFYPTDGVGHQPYRVVVLSFELLNAPATVCGH

来源 Source

来源生物 organism	Bat coronavirus RaTG13
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2709072
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	171.965 Å
晶胞边长 b length_b	171.965 Å
晶胞边长 c length_c	85.283 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.740 Å
最低分辨率 resolution_low	49.510 Å
R 因子 r_factor	0.2361
R_work r_work	0.2316
R_free r_free	0.2762

fit	/app/data/saxs_computation/ko/9kos/9kos.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ko/9kos/9kos.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ko/9kos/9kos.dat

Crystal structure of RaTG13 RBD complexed with sheep ACE2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)