9kq7

The structure of the YcfA from Erwinia amylovora bound with ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 237.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kq7
沉积日期 deposition_date	2024-11-25
结构标题 title	The structure of the YcfA from Erwinia amylovora bound with ATP
关键词 keywords	tetradecamer, YcfA-YcfC bipartite enzyme system, 6-Thioguanine biosynthesis, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	80.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	82.15 Å
零角强度 I(0) i0	1764250000.00
分子量 molecular_weight	350140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	436430 Å³
包络体积 envelope_volume	768320 Å³
水化壳体积 shell_volume	85194 Å³
包络直径 envelope_diameter	275.2 Å
壳层 Rg shell_rg	63.57 Å
包络 Rg envelope_rg	79.68 Å
形状 Rg shape_rg	82.15 Å
总 Rg total_rg	81.81 Å
总原子数 total_atoms	24561
残基数 n_residues	3064
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	237.0 Å
Rg (实空间) rg_real	81.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	78.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1750000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8147
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	87.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.433
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.533
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0109
最高正则化参数 α highest_alpha	30080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.178

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Asparagine synthetase domain-containing protein
分子量 formula_weight	26137.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,I,J,L,M,A,C,D,F,H,K,N
原子数 atom_count	24784

MTNQYSVKPQLVMFTGGRDSTLAACYLMLQGIPVHLWSGNSGCSLHRGILSHRVEEMKNRFGDLVVGHTVADISGAFRSIAIEALEQDILKYRKNLVLLGEKLAIHAHLVDFCRRNDINTINDGITHYQMEFPEQRLVAKTFLMEMMAQYDINYQSPVYEFAQSADDVKYRLLQLGISTKSLEGISIFADSFSTPSDDVVLAYLREKAPLAHNIVNFLAGETLNPPVLNNSAAA

来源 Source

来源生物 organism	Erwinia amylovora ATCC 49946
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	716540
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	223

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.710 Å
晶胞边长 b length_b	134.330 Å
晶胞边长 c length_c	235.960 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	P 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	3
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.840 Å
最低分辨率 resolution_low	33.340 Å
R 因子 r_factor	0.2118
R_work r_work	0.2097
R_free r_free	0.2525

fit	/app/data/saxs_computation/kq/9kq7/9kq7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kq/9kq7/9kq7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kq/9kq7/9kq7.dat

The structure of the YcfA from Erwinia amylovora bound with ATP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction