9kqb

PSII-FCPII supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 227.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kqb
沉积日期 deposition_date	2024-11-25
结构标题 title	PSII-FCPII supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
关键词 keywords	photosystem II, photosynthesis, chlorophyll, light-harvesting complex, energy transfer, LHCII, FCPII, coccolithophore, haptophyte; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	70.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	70.96 Å
零角强度 I(0) i0	6514980000.00
分子量 molecular_weight	858130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1137100 Å³
包络体积 envelope_volume	1516400 Å³
水化壳体积 shell_volume	174880 Å³
包络直径 envelope_diameter	274.0 Å
壳层 Rg shell_rg	70.31 Å
包络 Rg envelope_rg	73.37 Å
形状 Rg shape_rg	71.07 Å
总 Rg total_rg	70.43 Å
总原子数 total_atoms	61167
残基数 n_residues	5822
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	227.8 Å
Rg (实空间) rg_real	69.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3220e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6503000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6392
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	72.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.490
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.018
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.2439
最高正则化参数 α highest_alpha	1100000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 0.996; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.666

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (36)

Entity 1 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-1)
分子量 formula_weight	18307.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,7,5,g
原子数 atom_count	61348

MGYENELGVIEPTGFFDPLGLSANIDEETFAQYRTAELKHGRVAQLCVIGYVVPEIYRFPGEIAPGVAFADIPNGVAAINAIPSLGWLQMIFFIGAVDYWGVLGDFDIGKPKLDPDELEKRQVQELQHGRLAMIATLELLRHDSQNLVTPGFDGLDTLITGLPFLY

Entity 2 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-5)
分子量 formula_weight	18451.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6,J

MGYETELGVIPPTGFFDPLGLSKNIDEETFAQYRTAELKHGRVAQLCVIGYVVPEFYRFPGIIAPGVPFADIPNGVAAINAIPALGWFQMVFLIGAVDYWGVLGDFDAGKPDLAPEELEKRKLQELQHGRLAMLAVLELLRHDSQNLVKPGFDGLDNLITGFPFLYN

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	39588.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a

MTTTLERRESASFWEQFCAWITSTENRLYIGWFGCLMFPTLLTATSAYIIAFIAAPPVDIDGIREPVAGSLLYGNNIISGAVVPSSNAIGVHFYPIWEAASIDEWLYNGGPYQLVVFHFFIGVCAYIGREWELSYRLGMRPWICVAFSAPVAAAAAVFVIYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMLVFQAEHNILMHPFHMLGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETSENESLNYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRALHFFLGAWPVVGIWFTAMGVATMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVINTWADILNRSNLGMEVMHERNAHNFPLDLAAGESLPVALVAPAVAA

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56324.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MALPWYRVHTVVLNDPGRLIAVHLMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLNPMWRQGMFVMPFMARLGVTDSWGGWSITGESVSNPGIWSFEGVALTHIVLSGLCFLAAIWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKIFGIHLFLASLLCFGFGAFHVTGAFGPGIWVSDAYGVTGRVQAVAPAWGPEGFNPFNPGGIASHHIAAGILGILAGVFHLTIRPPQRLYRALRMGNIETVLSSSISAVFFAAFITSGTMWYGAATTPIELFGPTRYQWDSGYFQQEIERRVEASISEGLSLSQAWSRIPDKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGPMNKGDGIAEAWLGHPVFQDKEGRELTVRRMPAFFETFPVILVDKDGIVRADIPFRRAESKYSIEQVGVSCNFYGGKLNGQVFTDAPTVKKYARKSQLGEVFEFDRTTLESDGVFRSSPRGWYTFGHANFALLFFLGHLWHGGRTLFRDVFAGIGAEVLEQVEFGAFQKLGDKSTKKQGIV

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9220.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

GGSTGERPFSDIITSIRYWIIHSITIPSLFVAGFLFVSTGLAYDAFGTPRPNEYFTQDRQQIPLVNDRFSAKQELEDLTKGL

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4858.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MINTNQPVAYPIFTFRWLTIHALAVPTVFFLGAITSMQFIQR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H (psbH)
分子量 formula_weight	7259.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MALRTRLGEILRPLNAEYGKVAPGWGTTSVMGVFMALFLVFLVIILQIYNSSIILENVDVDWVTV

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I (psbI)
分子量 formula_weight	4461.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MFTLKILVYTVVIFFISLFTFGFLSSDPSRNPNRKDLE

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K (psbK)
分子量 formula_weight	4461.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

LLSALPEPYTAFRPIVDVMPAIPVLFLLLAFVWQASVGFR

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4393.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MSAPNPNKQPVELNRTSLYWGLLLIFVLAVLFSSYFFN

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M (psbM)
分子量 formula_weight	13414.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

LCIGRSAAAAMKLTLAFACLAAVEAFVQQPALRPMQSKMAVSKLASSPSMSLETSSIAQLSETLAGVVAVDGGTIGLEVSFGAFLAVILGLFIPVVFLVTLYIQSEAQGTATNFRLPDKAPGVPGDRYDA

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Psb36
分子量 formula_weight	3459.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,n

MAVASNAGDFGGYTIPIIGLGLIGATIALLAGPVDE

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3776.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

MEALVYTFLLIGTLIVIFFAIFFRDPPRIVKK

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein W (psbW)
分子量 formula_weight	5643.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W,w

GTGKALGINDDSLGFVLIGVTAVIGLAWAQWQSYQDDGDDFFDTYDSRRAAAA

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein X (psbX)
分子量 formula_weight	3674.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,x

MTPSLSAFLSSVILAVVIIVIPIGAALVFVSTSDKI

Entity 16 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-2)
分子量 formula_weight	24920.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,8

MKAPPPKAKGRGWLQKARIADEIDVTGSQYVNVAGLTPQYDEIGVLPPLGRWDPLNIKGQGEARYRRFVEMEIKHGRMAMAAVLGVLTTYSGIRFPGYLSKTLDLKFEDVPGTMIGSWATVPVTGWIQIVLFVVLLEASWWKQDPAKAPGDVVPEGVWWARYPDGYSIFLGDGSVKTVAEDELFLGKTWKLNAERNNGRAAMMGITGMYVHELLTGNPVYPLGEL

Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39143.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MTIAIGQKQDRGVFDLIDDWLKRDRFVFVGWSGLLLFPCAFLAVGGWLTGITFVTSWYTHGLASSFLEGCNFLTAAVSTPANSMGHSLLLLWGPEAQGDITRWFQIGGLWTFVALHGSFGVIGFCLRQFEIARLVGIRPYNAIAFSGPIAVFVTVFLVYPLGQASWFFAPSFGVAAIFRFLLFLQGFHNWTLNPFHMMGVAGILGGALLCAIHGATVENTLFEDGDAANTFRAFTPTQSEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVAGMWTSSLGIVGLALNLRSYDFVSQELRAAEDPEFETFYTKNNLLNEGIRSWMAAQDQPHENFIFPEEVLPRGNAL

Entity 18 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	48733.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

ESTGFAWWSGNARLINVSGKLLGAHVAHAGLMVFWCGAMTLFEVAHYIPEKPLYEQGCILIPHLTTLGWGVGPGGEVTDVYPFFVVGVLHLISSAVLGFGGVYHSLIGPDTLEESFPFFGYDWRDKNKMTTILGIHLILLGIGSFLLVAKACFVGGLYDTWAPGGGDVRIVTAPTLNPLIIFGYVLKSPFGGDGWIISVNNLEDLVGGHIWLGFLCVVGGIWHILTKPFAWARRTFVWSGEAYLSYSLAALSVMGLTASVFVWYNNTAYPSEFFGPTGPEASQSQAFTFLVRDQRLGANVASAQGPTGLGKYLMRSPSGEIIFGGETMRFWDMRAPWVEPLRGPNGLDLNKIRNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGALNSVGGVATEINSVNYVSPRSWLTTSHFFLGFFLWVGHLWHAGRARAAAAGFEKGINRENEPVLSMRPLD

Entity 19 polymer

描述 description	Light harvesting protein
分子量 formula_weight	23662.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	9,3

MTPETICLLLADVVKMISVVLGSLAFNGLVTPAPTRAAVSMSAISPGDIGTTRPLGVFDPLKLMEKNPGKYRRFQEMEIKHGRIAMLATLHVFITGAGYKWPGYCSYLSFPPLKFEDIPAGTLASWAALPQAGWAQIVAVVAILDNSLFAQDPNREPGDVAGDLPWVRYDDPKVKEYKLNIERNNGRAAMMGIIGMMTHEYLTGNPLYPLSYEPVV

Entity 20 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPII-4)
分子量 formula_weight	18438.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4,G

MSYESELGVIPPTGFFDPLGLSKNIDEETFAQYRTAELKHGRVAQLCVIGYIVPEIYRFPGEIAPGVAFADIPNGVAAINAIPALGWFQMVFLIGAVDYWGFLGDFEAGKPDLAPEELEKRKLQELQHGRLAMLAVLELLRHDSQNLVSPGFDGLDKLITGLPFLYN

Entity 21 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	156

Entity 22 non-polymer

描述 description	(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
分子量 formula_weight	582.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 23 non-polymer

描述 description	;(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate ;
分子量 formula_weight	658.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

Entity 24 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c1
分子量 formula_weight	610.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

Entity 25 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 26 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 27 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 28 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 29 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 30 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 31 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 32 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 33 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 34 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 35 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 36 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	181

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7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.22 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	38582

fit	/app/data/saxs_computation/kq/9kqb/9kqb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kq/9kqb/9kqb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kq/9kqb/9kqb.dat

PSII-FCPII supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (36)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)