9kqi

Cryo-EM structure of PSS1 with calcium and L-serine

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 100.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kqi
沉积日期 deposition_date	2024-11-26
结构标题 title	Cryo-EM structure of PSS1 with calcium and L-serine
关键词 keywords	phosphatidylserine synthase, ER membrane protein, integral membrane protein, transmembrane enzyme, PS, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.67 Å
零角强度 I(0) i0	115477000.00
分子量 molecular_weight	100330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131640 Å³
包络体积 envelope_volume	154460 Å³
水化壳体积 shell_volume	42418 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.80 Å
包络 Rg envelope_rg	30.03 Å
形状 Rg shape_rg	29.70 Å
总 Rg total_rg	30.35 Å
总原子数 total_atoms	7082
残基数 n_residues	754
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	115500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.272
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.975

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylserine synthase 1
分子量 formula_weight	55590.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.8.29
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7082

MASCVGSRTLSKDDVNYKMHFRMINEQQVEDITIDFFYRPHTITLLSFTIVSLMYFAFTRDDSVPEDNIWRGILSVIFFFLIISVLAFPNGPFTRPHPALWRMVFGLSVLYFLFLVFLLFLNFEQVKSLMYWLDPNLRYATREADVMEYAVNCHVITWERIISHFDIFAFGHFWGWAMKALLIRSYGLCWTISITWELTELFFMHLLPNFAECWWDQVILDILLCNGGGIWLGMVVCRFLEMRTYHWASFKDIHTTTGKIKRAVLQFTPASWTYVRWFDPKSSFQRVAGVYLFMIIWQLTELNTFFLKHIFVFQASHPLSWGRILFIGGITAPTVRQYYAYLTDTQCKRVGTQCWVFGVIGFLEAIVCIKFGQDLFSKTQILYVVLWLLCVAFTTFLCLYGMIWYAEHYGHREKTYSECEDGTYSPEISWHHRKGTKGSEDSPPKHAGNNESHSSRRRNRHSKSKVTNGVGKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE
分子量 formula_weight	455.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	Phosphatidylinositol
分子量 formula_weight	887.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 5 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRADECANE
分子量 formula_weight	198.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	SERINE
分子量 formula_weight	105.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.020 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.02 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	446795

fit	/app/data/saxs_computation/kq/9kqi/9kqi.fit
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profile	/app/data/saxs_computation/kq/9kqi/9kqi.dat