9kqq

PSI-LHCI supercomplex binding with 8 Lhcas from C. subellipsoidea

Method: ELECTRON MICROSCOPY

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

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P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kqq
沉积日期 deposition_date	2024-11-26
结构标题 title	PSI-LHCI supercomplex binding with 8 Lhcas from C. subellipsoidea
关键词 keywords	Photosystem I, Thylakoid membrane, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (36)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83220.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	46812

MTISPPEREAKKVKIVVDGNPVETSFERWAKPGHFSRTLSKGPSTTTWIWNLHADAHDFDSHTSDLEEISRKVFSAHFGQLGIILIWLSGMYFHGARFSNYEAWLSDPIHIKPSAQVVWPVVGQEILNGDVGGGFQGVQITSGFFQLWRASGITSELQLYSTAIGGLVLAAAMFFAGWFHYHKAAPKLEWFQNVESMLNHHLAGLLGLGSLAWAGHQIHVSLPINKLLDAGVDPKEIPLPHEFILNRDLMAQLYPSFSKGLAPFFTINWSEYSDFLTFQGGLNPVTGGLWLSDQAHHHLAIAVLFLVAGHQYRTNWGIGHSIKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLALFGSLSIIVAHHMYSMPPYPYLATDYGTQLSIFTHHTWIGGFCIVGAGAHAAIFMVRDYDPTNNYNNLLDRVIRHRDAIVSHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMSALGRPQDMFSDTAIQLQPVFAQWIQNTHLSAPQFTAPNALAPTSPVWGGDVVAVGGKVAAMPITLGTADFMVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLYARSSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSAWDHVFLGLFWMYNSLSIAIFHFSWKMQSDVWGTVNSTGVSHITGGNFSQSANTINGWLRDFLWAQSSQVIQSYGSALSAYGLIFLGAHFIWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPSIQPRALSITQGRAVGVAHYLLGGIATTWSFFLARIIAVG

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	81886.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATKFPKFSQGLAKDPTTRRIWYGIATAHDFESHDNITEESLYQKIFASHFGQLAIIFLWTSGNLFHVAWQGNFPQWVQDPLHVRPIAHAIWDPHFGQPAVEAFTRGGAQGPVNIATSGVYQWWYTIGLRTNQDLFQGSVFLTILSGLFLFAGWLHLQPRFQPALAWFKNAESRLNHHLSGLFGVSSLAWTGHLVHVAIPEARGQHVRWDNFLTTLPHPQGLAPFFSGNWAVYAQNPDSSAHLFGTGEGSGTAILTFLGGFHPQTQSLWLTDIAHHHLAIAVVFILAGHMYRTNFGIGHTMQEILDAHTPPGGGLGAGHKGLFDTVNNSLHFQLGLALASVGTITSLVAQHMYSLPPYAFLAQDFTTQASLYTHHQYIAGFILCGAFAHGAIFFVRDYDPEQNKGNVLARILDHKEAVISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVMQAFGTPEKQILIEPVFAQWIQAAQGKTLYGFDLLLSQSNSAAFSAGQTLWLPGWLDAINSNSNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAVFWMLNTIGWVTFYFHWKHLGIWQGNVNQFNESSTYLMGWLRDYLWLNSSQLINGYNPFGMNSLSVWAWMFLFGHLIYATGFMFLISWRGYWQELIETLAWAHERTPLANLVRWRDKPVALSIVQARLVGLAHFSAGYILTYAAFLIASTSGKFG

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8797.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSHAVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMVPWDGCKASQIASAPRTEDCVGCKRCESACPTDFLSVRVYLGSETTRSMGLAY

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
分子量 formula_weight	20872.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MASMMLTAAPLCSAPSRQSSFQGTAVRSKPALSRRVLSLSRAVAEEKAAWKPPTLDPSTPSPIFGGSTGGLLRKAQIEEFYVITWDAKKEQVFEMPTGGAAIMRSGPNLLKLARKEQCLALLTQLRNKFKTDGQIYRVFPDGEVQYLHPKDGVYPEKVNAGRTAVGAKDRSIGKNTNPVAVKFTGKLGTYDV

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE
分子量 formula_weight	8261.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MRCDTLLLSERRLWCVQVKVLRPESYWFNEVGKVVSVDQSGIRYPVVVRFPTVNYAGVSTNNYSLEEVQEV

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	25876.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MAATSCMTARLGAKAPQHELSFKSSVKPLRAAPVARKAVQVARAASCSAQEQAPVQVGKVVAAAALAAALAFGSVDAAKADISGLTPCSESKGFAKRQKNEIKALTKRLKQYEEGSAPSLALKATIERTEKRFANYGNAGLLCGTDGLPHLISDPGLALRFGHAGETLIPTVGFLYIAGWIGTAGRDYLIASKGEAKPREKEYIIDVPLALKISAQGAGWPFRVIRELQKGTLLEKDSNITVSPR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
分子量 formula_weight	14552.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MVAAIASSLSLRPLTALPTARPSARRSRVQTPVRALSDTNLVIGGATVASLALGRFVFLGFQRDNAKKQGLPQQNGQSNVEAGDRLAEEASFALKTNDPAGFNLVDVMAWGAIGHALGYFILATTSLNNTPGFDPKPF

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	3852.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MAAAYLPSVLVPLVGLVFPAIAMASLFLYIEKEEIA

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4731.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MKNFTTYLSTAPVVALIWFTFTAGLLIEINRFFPDPLVFSF

Entity 10 polymer

描述 description	PSI-K
分子量 formula_weight	13330.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MASSTMSVKSSAVRSFTGMRPSLRPVQAAKIAAPRLSRRSNLTVRADGFIGSTTNLIICSSTAIFLAAGRFGLTPSANRLASPGLKLSPNNSGLQTGDPAGFTATDVLYLGTIGHVVGIGSILGLKAIGAL

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3380.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MPLSDSQIFIALFIALLTGILAVRLGLELYS

Entity 12 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	24076.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b

MAAAMLTSSFVARGAARPATKLPKSNGSRVVMKAGNWLPGSDTPAYLDGLPGSFGFDPFGLGSTPANLQRFQEAELVHSRWAMAGVAGALGAELLGQGDWYQAPLWAVNGGAPTYLGIPVPFNLSTLLAIEFVAIAGAEAQRNAEPDAEKRKYPGGAFDPLGFSKDSKVLEENKLKELKNGRLAMLAFVGFIAQHAATGKGPLEALKLHLADPWGANFATNGVSIPYLT

Entity 13 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	26877.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MASTTMMMKSAAHVQETADRSKDTLLFASDQSLSYLTGALPADYGFDPLGLLDPEGKGAGFVSPAWLQYSEVIHARWAMLGAAGCIAPEILATAGVIPQTPDEVIWFKSGVIPPAGVYDKYWLDPYSLFFIEVILVQFAELRRWQDFRNPGSQGKQYFLGLEEVLKGSGDPSYPGGQFFNLFNLGKSDLKELKTKELKNGRLAMLAVFGYGAQAVITAEGPFKNLTDHLSDPTGHNILTNFGHPAL

Entity 14 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	26938.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MGLERPLHASRAAILRHLELLLTVSAARSARVVVRAERASWLPGSEIPSYLKGELPGDFGFDPLRLGEDPAALKWYQQAELQNGRWAMLAAAGILFVDLLGHLGAGGPAAATPWFKASDFTYFAPTSTLFIVELLLFAWVEVRRYQDMVKPGSTNQDPIFSQYSLPSGNEPGYPGGIFDPLGYSKGNMAELKLKEIKNARLAMLAVLGFFVQAKTTGKTPLDSLSSHLADPWSNNVFGIEHARLIQ

Entity 15 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	29447.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

MAATFTALNAAPAFLTGRKVVSKARAGPAPRSTFQVSAAASQGRRLWAPGVEAPSYLNGELAGDYGWDPLGLGAKPEALKWYRQAELVHARWAMLAVAGILAQEIVKPGVFFYNAGLPENLPGINFGGPEGKVNLGGLLAWEFLLFHWVEVRRWQDIKKKDSVNQDPIFKGNKVPNPELGYPGGIFDPFGFSKGNFKEVQTKEIKNGRLAMVAFVGFIIQAQATGQGPLANLGAHLANPFGNNITKNIGTCAIPSSVDVQGITIPLTCLWPGHQ

Entity 16 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	29137.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MAALLACNGLSRPILGSPLAARQVSRARPVRQTVVRAERALWLPGGDAPAHLDGSLPGDFGFDPLGLGADPERLAWFAESERVHARWAMLAVAGIAVQEVVRPDVFWYEAALKSPMPFGNSPAAILGLVAFELFAMHFVEVRRAYDFKNPGSQDQDPIFSNNKLPKHEVGYPGGIFAPVIPGDLAELKLKEIKNGRLAMLAFAGFVMQAQVTGKGPLASLGDHLSNPIGTTIFSKAVVIPGQAIVPPCMIPSSVEYHGITIPTPCFLSGLWP

Entity 17 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	27493.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

MANAVAMSSLLGSKSAVAARPAAFSGKARTARVQARFVAVSAADRQVWFPGNAPAPHLDGSLPGDFGFDPLSLGSDPQLLKWFQQAELVHGRTAMTAVAGILFPAVATKAGVVNIPQWYDAGSVWVQNNPNFPFAALLFIQIILTGWVETKRWLDFKNPGSQADGSFLGVTDDFKGVANGYPGGKLFDPFGLSRGSEGQLQKYQENEIKNGRLAMVAFLGFIAQHAATGKGPIDNLADHLANPTAVTFATNGVSLPFVH

Entity 18 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	27499.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8

MNTSMLTSSFVSRAAARPAQARPLPSNGSRVCMKAGNWLPGSKTPAYLEDLPGSYGFDPLKLGEDPASLKWYVQSELVHSRFAMAAVAGILIPEVLKAFGAVNLPVWYEAGKYAQESSPIPFNTLIALEIFAFNFVEIKRWQDFKKPGSQGEEGSFVGLEGFFKGTGENGYPGGVFDPLGLSKGPGYEAMKLREIKNGRLAMLAFIGFASQYLATGKGPIENLLDHLSNPLANNFTTNGTSLPAQAHPLLSVLKP

Entity 19 polymer

描述 description	PSI subunit V
分子量 formula_weight	21881.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MQVAATSSAIRVPCASSRVSSSRSSLGNIAGLTPVFHARQNRAAVVVRAADKQQVIQPINGDPFIGMLETPVTSSPLVAGFLSNLPAYRIGVSPLLRGVEIGLVHGFLVTGPFIKLGPLRNIPGVAERAGCLSGAGLVVILAVALTIYGASAFQNDAGAIGVKTLSGRELQRDPLQTADGWQKFSAGWLVGGLSGVAWAWILTQTLPYYS

Entity 20 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 21 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 22 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

Entity 23 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 24 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 25 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	254.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 26 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 27 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	217

Entity 28 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 29 non-polymer

描述 description	(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 30 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 31 non-polymer

描述 description	ASTAXANTHIN
分子量 formula_weight	596.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 32 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 33 non-polymer

描述 description	;(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 34 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 35 non-polymer

描述 description	DIACYL GLYCEROL
分子量 formula_weight	625.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 36 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	570

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.06 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	63984

PSI-LHCI supercomplex binding with 8 Lhcas from C. subellipsoidea

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (36)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (0)