9kr2

Structural Basis for the Polymer-Protein Binding Mechanism of Polyvinyl Alcohol Esterase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kr2
沉积日期 deposition_date	2024-11-27
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	Structural Basis for the Polymer-Protein Binding Mechanism of Polyvinyl Alcohol Esterase
关键词 keywords	Polyvinyl alcohol, degradation, complex structure, molecular mechanism, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.50 Å
零角强度 I(0) i0	56912200.00
分子量 molecular_weight	38835.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37215 Å³
包络体积 envelope_volume	58802 Å³
水化壳体积 shell_volume	23536 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.48 Å
包络 Rg envelope_rg	20.78 Å
形状 Rg shape_rg	20.47 Å
总 Rg total_rg	21.15 Å
总原子数 total_atoms	2937
残基数 n_residues	391
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8915
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.217
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.458
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.964

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	SGNH/GDSL hydrolase family protein
分子量 formula_weight	42515.5 kDa
突变 mutation	S227A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3482

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMYASWTASMSDATQVLPGAAPAASQSFNNQTVRHVLRLSLGGNTLRVKVSNLFGKSPITFTAVRVAKSTGQSNIDVSTDKSVTFNGQASVTLEAGTELVSDAVNLEVAPLTNIAVSMYFSSPTAMPTVHALGVQTAFIGAGNQTAATSISAAAADQSQSYYGLTALEVSSIQKTNVVVTFGDAITDGYKSTVDASKRYPNQLDDRLKTAGFSRIGVVNQGISGNRWLNDFSGPSGTSRFDRDVLNVTGITHAIILLGVNDLGFSAWLAPTQTVTAEQVIAAMTTAIVKAKAKGIKVFVGTIIPFKGASMGYYYTDAAEAKRQTINTFIRNSKEIDGVIDFADALKNPADPLTINPIYDSGDALHPNDAGYEAMAAAIDLSKLQ

来源 Source

来源生物 organism	Comamonas sp. NyZ500
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2795732
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	[(3S,5S,7S,9R,11S,13S)-1,3,7,9,11,13,15-heptakis(oxidanyl)pentadecan-5-yl] ethanoate
分子量 formula_weight	382.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	510

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	164.739 Å
晶胞边长 b length_b	164.739 Å
晶胞边长 c length_c	164.739 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.130 Å
最低分辨率 resolution_low	44.030 Å
R 因子 r_factor	0.1554
R_work r_work	0.1540
R_free r_free	0.1825

fit	/app/data/saxs_computation/kr/9kr2/9kr2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kr/9kr2/9kr2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kr/9kr2/9kr2.dat