9ksn

Crystal structure of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Bacillus thermozeamaize mutant M9 complexed with NADP+

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ksn
沉积日期 deposition_date	2024-11-30
最后修订 last_revision	2025-05-21
结构标题 title	Crystal structure of meso-diaminopimelate dehydrogenase from Bacillus thermozeamaize mutant M9 complexed with NADP+
关键词 keywords	Amino acid dehydrogenase, Complex, NADP+, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.09 Å
零角强度 I(0) i0	173533000.00
分子量 molecular_weight	103630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129290 Å³
包络体积 envelope_volume	172140 Å³
水化壳体积 shell_volume	43361 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.57 Å
包络 Rg envelope_rg	33.32 Å
形状 Rg shape_rg	33.11 Å
总 Rg total_rg	33.53 Å
总原子数 total_atoms	7257
残基数 n_residues	914
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	173500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8980
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.249
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.853

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
分子量 formula_weight	38187.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.1.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7313

MGSSHHHHHHSGIVPRGSHMASMTGGGQMGRGSEFELRRQMSEIRTERPIRVAIIGYGNIGQYALQAVEEAPDMELAGVVRRQSSLEKPLPRELHGVSVVSDVSALGQVDVAVLCTPTYETPAIAKELLARGIHTIDSFDIHQEIVQVRHELDEVARAHQAVAILAAGLLPGTCSMIRSILEFMAPYGITYTNVGPGMSMSASVAVKAIEGVKDALALIIPIGTGLHRRMVYVELEEGADFATVKERILQDPLFVHDETHVLQVDDVKQLIDRGIAVRMERKGVSGQTQNQLFTYEMRINNPALTSQVMIASARAAMRQKPGAYTMIEIPIIDFLYGDRDELIRRLV

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus thermozeamaize
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	230954
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	OXAMIC ACID
分子量 formula_weight	89.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	156.070 Å
晶胞边长 b length_b	156.070 Å
晶胞边长 c length_c	112.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	50.050 Å
R 因子 r_factor	0.2028
R_work r_work	0.2011
R_free r_free	0.2375

fit	/app/data/saxs_computation/ks/9ksn/9ksn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ks/9ksn/9ksn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ks/9ksn/9ksn.dat