9kue

Crystal structure of the soluble green pigment protein from Tettigonia cantans

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kue
沉积日期 deposition_date	2024-12-03
结构标题 title	Crystal structure of the soluble green pigment protein from Tettigonia cantans
关键词 keywords	carotenoid binding, bilin binding, carotenoid carrier, transport protein, vitellogenin, bichromoprotein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.10 Å
零角强度 I(0) i0	196761000.00
分子量 molecular_weight	74514.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72087 Å³
包络体积 envelope_volume	122030 Å³
水化壳体积 shell_volume	37225 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.99 Å
包络 Rg envelope_rg	26.90 Å
形状 Rg shape_rg	27.05 Å
总 Rg total_rg	27.73 Å
总原子数 total_atoms	5649
残基数 n_residues	682
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	196800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.301
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.947

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Dibilinoxanthinin (DBXN)
分子量 formula_weight	12399.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	5823

QGSQVEFSMKMTGGEIPGGNIVLQGVKLRIVGEWVLKGSSGESVRRTDVKVDITSTAGNQDNSFAIQLANYAHNKPNTKWCALLTKKYPERKPDVLAFGWGNEQVDSKASVTIG

Entity 2 polymer

描述 description	Dibilinoxanthinin (DBXN)
分子量 formula_weight	7682.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SVTITINQKGEITEEQKQRAQGDDWPYGQCKEDQKKSEWKDSDFLPNTQACYIGSILLTTARKTTYS

Entity 3 polymer

描述 description	Dibilinoxanthinin (DBXN)
分子量 formula_weight	18590.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

GASSVDDYNPAFDNTHYSRFHLLIETNGITKPCIVSTENVYTPDNATVPHKQGSDYVLVAGLAGDPNRFSAYTRSQGGSKPLVVKLVNDGVTLELTRDGASINGKAVSVEKGVQYPQDDPNYAIRVWKSGDLVMAYSRRTAVYAYYTGTAVDVEQPVTYRGRATGLCGNLNG

Entity 4 non-polymer

描述 description	(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子量 formula_weight	622.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	;3-[5-[(~{Z})-(3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-2-[(~{Z})-[4-(hydroxymethyl)-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-5-[(~{Z})-[3-methyl-5-oxidanylidene-4-[(1~{S},4~{E},8~{Z})-5,9,13-trimethyl-1-oxidanyl-tetradeca-4,8,12-trienyl]pyrrol-2-ylidene]methyl]pyrrol-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid ;
分子量 formula_weight	823.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	174

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.570 Å
晶胞边长 b length_b	87.256 Å
晶胞边长 c length_c	167.609 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	31.600 Å
R 因子 r_factor	0.2254
R_work r_work	0.2232
R_free r_free	0.2668

fit	/app/data/saxs_computation/ku/9kue/9kue.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ku/9kue/9kue.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ku/9kue/9kue.dat

Crystal structure of the soluble green pigment protein from Tettigonia cantans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)