9kuh

Co-crystal structure of wild-type OYE2 with 2-(prop-1-en-2-yl)pyridine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 130.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kuh
沉积日期 deposition_date	2024-12-03
最后修订 last_revision	2025-09-03
结构标题 title	Co-crystal structure of wild-type OYE2 with 2-(prop-1-en-2-yl)pyridine
关键词 keywords	Old yellow enzyme 2, 2-isopropenylpyridine, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.49 Å
零角强度 I(0) i0	904383000.00
分子量 molecular_weight	164970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159570 Å³
包络体积 envelope_volume	274580 Å³
水化壳体积 shell_volume	55421 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.33 Å
包络 Rg envelope_rg	41.23 Å
形状 Rg shape_rg	41.49 Å
总 Rg total_rg	41.67 Å
总原子数 total_atoms	12554
残基数 n_residues	1576
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	904400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8900
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.156
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.715
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	140600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.726

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	NADPH dehydrogenase 2
分子量 formula_weight	45066.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12554

MPFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRAQHPGNIPNRDWAVEYYAQRAQRPGTLIITEGTFPSPQSGGYDNAPGIWSEEQIKEWTKIFKAIHENKSFAWVQLWVLGWAAFPDTLARDGLRYDSASDNVYMNAEQEEKAKKANNPQHSITKDEIKQYVKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNNRTDEYGGSIENRARFTLEVVDAVVDAIGPEKVGLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVLGELERRAKAGKRLAFVHLVEPRVTNPFLTEGEGEYNGGSNKFAYSIWKGPIIRAGNFALHPEVVREEVKDPRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYKMSAEGYIDYPTYEEALKLGWDKN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-prop-1-en-2-ylpyridine
分子量 formula_weight	119.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	193.927 Å
晶胞边长 b length_b	99.198 Å
晶胞边长 c length_c	119.175 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.430 Å
最低分辨率 resolution_low	23.310 Å
R 因子 r_factor	0.2047
R_work r_work	0.2016
R_free r_free	0.2622

fit	/app/data/saxs_computation/ku/9kuh/9kuh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ku/9kuh/9kuh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ku/9kuh/9kuh.dat

Co-crystal structure of wild-type OYE2 with 2-(prop-1-en-2-yl)pyridine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction