SAXSdb — 9kve

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kve
沉积日期 deposition_date	2024-12-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein in complex with triple-nAb 4H1, 4A5 and 4C1
关键词 keywords	SARS-CoV-2, Neutralizing antibody, Cryo-EM, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.31 Å
零角强度 I(0) i0	143661000.00
分子量 molecular_weight	95300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118760 Å³
包络体积 envelope_volume	149560 Å³
水化壳体积 shell_volume	38340 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.99 Å
包络 Rg envelope_rg	33.21 Å
形状 Rg shape_rg	33.25 Å
总 Rg total_rg	33.93 Å
总原子数 total_atoms	6728
残基数 n_residues	894
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.192
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.671
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.915

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	The heavy chain of 4C1
分子量 formula_weight	14201.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6728

EVQLVESGGGLAKPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMNWVRQAPGKGLEWVSVINSGGDNAYYADSVKGRFTTSRDNSKSTLSLQMNSLREEDTAVYYCAKDRNLYYYDSGYYTEFSFDYWGQGVLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	The light chain of 4C1
分子量 formula_weight	11531.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QSVLTQPPSVSGDPGQSVTISCTGSSSNIGGYYVNWYQQFPGTAPKLLIYDDNNRPSGVSDRFSGSKSGTSASLTITGLQPGDEADYHCSGWDSSLSAVLFGRGTRLTVL

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	The heavy chain of 4A5
分子量 formula_weight	13542.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCVASGFTFSDYEMHWVRQAPGKGLEWVSVISESGGTTYYADSVKGRFTISRDNAKNSLFLQMNSLRAEDTAVYYCTRVVIVVFTAMRHFDYWGQGVLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 polymer

描述 description	The light chain of 4A5
分子量 formula_weight	11665.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

DIQMTQSPSSLSAPVGDTVTITCRASQGINSYLNWFQQKPGKAPKLLIYDASTLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQYNNYPFTFGPGTRLDIK

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 5 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	21772.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

NLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGP

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	The heavy chain of 4H1
分子量 formula_weight	12862.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QVQLQESGPGLVKPSETLSLSCAVSGASISSYWWNWFRQSPGKGLEWIGKINGNSGITYYNPSLKSRLTISKDASKKQLSLTLTSVTAADTAVYFCATRDGNIVGVADYWGQGVLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 7 polymer

描述 description	The light chain of 4H1
分子量 formula_weight	12320.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

DVVMTQTPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLFDGGHPYTSLDWYLQKPGQSPQLLIYMVSNRASGVPDRFSGSASGTDFTLKISRVEAEDVGVYFCMQSVEYPYSFGQGTTVDFK

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.98 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	63770

fit	/app/data/saxs_computation/kv/9kve/9kve.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kv/9kve/9kve.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kv/9kve/9kve.dat

Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein in complex with triple-nAb 4H1, 4A5 and 4C1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)