SAXSdb — 9ky4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ky4
沉积日期 deposition_date	2024-12-08
最后修订 last_revision	2025-10-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of the mono-DdCBE bound TS substrate complex.
关键词 keywords	TALE, cytosine deaminase, DdCBE, dsDNA, ND4, Mitochondrial base editor, DNA BINDING PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.05 Å
零角强度 I(0) i0	204646000.00
分子量 molecular_weight	100900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120570 Å³
包络体积 envelope_volume	185050 Å³
水化壳体积 shell_volume	44026 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.50 Å
包络 Rg envelope_rg	36.84 Å
形状 Rg shape_rg	37.09 Å
总 Rg total_rg	37.16 Å
总原子数 total_atoms	7003
残基数 n_residues	838
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	204600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8152
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.582
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.137
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.916; Smooth: 0.129

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	TALE repeat protein
分子量 formula_weight	70525.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7003

MGSSDIADLRTLGYSQQQQEKIKPKVRSTVAQHHEALVGHGFTHAHIVALSQHPAALGTVAVKYQDMIAALPEATHEAIVGVGKQWSGARALEALLTVAGELRGPPLQLDTGQLLKIAKRGGVTAVEAVHAWRNALTGAPLNLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNIGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASHDGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNNGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNGGGKQALETVQRLLPVLCQAHGLTPEQVVAIASNGGGKQALESIVAQLSRPDPALAALTNDHLVALACLGGRPALDAVKKGLG

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	338
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	TALE repeat protein recognized single-strand DNA sequence and mitochondrial ND5.1 gene sequence.
分子量 formula_weight	10649.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GAATCTAGCCTAGCCGTTTACCTTTCCTCACAGGT

Entity 3 polymer

描述 description	A complementary strand of TALE repeat protein recognized single-strand DNA sequence and mitochondrial ND5.1 gene sequence.
分子量 formula_weight	10886.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ACCTGTGAGGAAAGGTAAACGGCTAGGCTAGATTC

Entity 4 polymer

描述 description	Double-stranded DNA deaminase toxin A
分子量 formula_weight	14009.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.-
突变 mutation	S1330I, A1341V, N1342S, E1347A, E1370K, T1380I, T1413I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GSYALGPYQISAPQLPAYNGQTVGTFYYVNDAGGLESKVFISGGPTPYPNYVSAGHVAGQSALFMRDNGISEGLVFHNNPKGTCGFCVNMIETLLPENAKMTVVPPEGAIPVKRGATGETKVFIGNSNSPKSPT

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia cenocepacia H111
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1055524
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	343135

fit	/app/data/saxs_computation/ky/9ky4/9ky4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ky/9ky4/9ky4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ky/9ky4/9ky4.dat

Cryo-EM structure of the mono-DdCBE bound TS substrate complex.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)