9kyh

Crystal structure of E.coli ac4C amidohydrolase YqfB in complex with ac4C

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kyh
沉积日期 deposition_date	2024-12-09
结构标题 title	Crystal structure of E.coli ac4C amidohydrolase YqfB in complex with ac4C
关键词 keywords	N4-acetylcytidine, RNA modification, amidohydrolase, cytidine, complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.07 Å
零角强度 I(0) i0	18812900.00
分子量 molecular_weight	22216.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21492 Å³
包络体积 envelope_volume	35088 Å³
水化壳体积 shell_volume	15380 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.87 Å
包络 Rg envelope_rg	19.92 Å
形状 Rg shape_rg	20.06 Å
总 Rg total_rg	20.60 Å
总原子数 total_atoms	1681
残基数 n_residues	204
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7671
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.326
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.644
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4072000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.723; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.799; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	N(4)-acetylcytidine amidohydrolase
分子量 formula_weight	11902.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.135
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2052

MQPNDITFFQRFQDDILAGRKTITIRDESESHFKTGDVLRVGRFEDDGYFCTIEVTATSTVTLDTLTEKHAEQENMTLTELIKVIADIYPGQTQFYVIEFKCL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE
分子量 formula_weight	243.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	N4-Acetylcytidine
分子量 formula_weight	285.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	371

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	108.570 Å
晶胞边长 b length_b	30.480 Å
晶胞边长 c length_c	61.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.540 Å
最低分辨率 resolution_low	27.600 Å
R 因子 r_factor	0.1844
R_work r_work	0.1827
R_free r_free	0.2175

fit	/app/data/saxs_computation/ky/9kyh/9kyh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ky/9kyh/9kyh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ky/9kyh/9kyh.dat

Crystal structure of E.coli ac4C amidohydrolase YqfB in complex with ac4C

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction