9kyr

GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus D352N mutant complex with gama-cyclodextrin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 195.5 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kyr
沉积日期 deposition_date	2024-12-09
最后修订 last_revision	2025-06-04
结构标题 title	GH57 family amylopullulanase from Aquifex aeolicus D352N mutant complex with gama-cyclodextrin
关键词 keywords	GH57 family, amylopullulanase, Aquifex aeolicus, cyclodextrin, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.34 Å
零角强度 I(0) i0	694575000.00
分子量 molecular_weight	233410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	296920 Å³
包络体积 envelope_volume	394090 Å³
水化壳体积 shell_volume	60773 Å³
包络直径 envelope_diameter	213.3 Å
壳层 Rg shell_rg	51.76 Å
包络 Rg envelope_rg	59.86 Å
形状 Rg shape_rg	60.33 Å
总 Rg total_rg	60.10 Å
总原子数 total_atoms	16532
残基数 n_residues	1905
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	195.5 Å
Rg (实空间) rg_real	60.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	692400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4931
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.592
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	24520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.647; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.427; Smooth: 0.036

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycoside hydrolase family 57 N-terminal domain-containing protein
分子量 formula_weight	57252.2 kDa
突变 mutation	D352N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17203

MKKLFLVFWWHMHQPLYREPYTGEYLLPWTFFHAVKDYYDMPAYLKDFEIKLNFNLTPVLIDQIQEYAQGKAKDVFLEAIRKDPDDLEKEEVEKLIEFTKLNYEKPIYRFERIRELMNKEKLNREELLDLQTLNLLAWCGRTLRKDLKDLLNKGRNYTQEEKEYVLNKYFEIIKKTLSIYREIKEEGKGSVSTSPYYHPLIPILLNPNCVYETTPNVKIPDFAVSFREDASKHVELAKEKYFEIFGEHPVYMWPPEASVSNEALELYYEKGINMLATDEVILKNSVERASPYLRYYFRELISVFFRDKTLSDLIGFSYHAWNAEDAVRDFIGRLKKIHESVDFQPVVFVVLNGENCWEYYEENGIPFLEKLYSTLEKEEWIETLTLEEAMRKEDVKTEVIESVKAGTWFDGNFLKWIGNKEKNEYWKILIEAKKKAKNDYILVAEGSDWFWWQGEEKAPFVEVFDKLFRSFVRRAQE

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus VF5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	Cyclooctakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose)
分子量 formula_weight	1315.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	645

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.830 Å
晶胞边长 b length_b	61.530 Å
晶胞边长 c length_c	195.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	83.94 °
晶胞夹角 β angle_beta	88.85 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.09 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	24.329 Å
R 因子 r_factor	0.1948
R_work r_work	0.1926
R_free r_free	0.2346

fit	/app/data/saxs_computation/ky/9kyr/9kyr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ky/9kyr/9kyr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ky/9kyr/9kyr.dat