9kz9

Cryo-EM structure of PSI-ACPI from Rhodomonas sp. NIES-2332 at 2.08 angstroms resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 193.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kz9
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of PSI-ACPI from Rhodomonas sp. NIES-2332 at 2.08 angstroms resolution
关键词 keywords	photosynthesis complex, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.29 Å
零角强度 I(0) i0	5523180000.00
分子量 molecular_weight	862190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1164500 Å³
包络体积 envelope_volume	1408100 Å³
水化壳体积 shell_volume	169770 Å³
包络直径 envelope_diameter	214.9 Å
壳层 Rg shell_rg	69.11 Å
包络 Rg envelope_rg	66.66 Å
形状 Rg shape_rg	66.31 Å
总 Rg total_rg	66.26 Å
总原子数 total_atoms	61496
残基数 n_residues	5195
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	193.9 Å
Rg (实空间) rg_real	66.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5220e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9990e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5524000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6141
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	72.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.429
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	1073000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.983; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.015

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (41)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83441.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	61938

MTISSKEQEAKKVSITVDRDPVATSFEKWAQPGHFSRTLAKGPKTTTWIWNLHADVHDFDSHTNSLEDISRKIFSAHFGQLSIIFLWLSGMYFHGARFSNYSAWLSNPTAVKPSAQVVWPIVGQEILNGDVGGGFQGVQVTSGFFQIWRASGITSEVELYWCALAGLLMSGLMIFAGWFHYHKAAPKLEWFQNAESMLNHHLSGLLGLGCLSWAGHQIHISLPVNKLLDAGVAPQEIPLPHEFLVNRDLMAQLYPSFSKGLVPFFTLNWSEYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLALAVLFIVAGHMYRTNWGIGHSMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLAMMGSVSIIVAHHMYAMPPYPYIATDYPTQLSIFTHHMWIGGFCVVGGAAHAGIFMVRDYNPAQNYNNLLDRVIRHRDAIISHLNWICIFLGFHSFGLYIHNDTMRALGRTQDMFSDTAIQLKPVFAQWVQSIHTLAPGNTTPNALATASYAFGGDVVAVGNKVAMMPISLGTADFMVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLFSRNSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQSSAWDSVFLGLFWMYNCISVVIFHFSWKMQSDVWGTVQADGTVTHITGGNFAQSAITINGWLRDFLWAQASQVIQSYGSALSAYGLIFLGAHFIWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNVAPAIQPRALSITQGRAVGLAHYLLGGIGTTWAFFLARIISVG

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	82087.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATKFPKFSQALAQDPATRRIWYGLATAHDLESHDGMTEENLYQKIFASHFGHLAVIFLWTSGNLFHLAWQGNFEQWVLNPLKVKPIAHAIWDPHFGQPAVKAFTKGGVSYPVNIATSGVYHWWYTIGMRSNTDLYAGSLFLLFLAGVFLFAGWLHLQPKFRPGLSWFKNNESRLNHHLSGLFGFSSLAWSAHLIHVAIPEARGQHVGWDNFTKVAPHPAGLQPFFSGNWGVYAAAPDTTNHIFGTSEGAGTAILTFLGGFHPQTQALWLTDIAHHHLAIGVVFIFAGHMYRTNWGIGHSLKEILDAHRPPGGRLGAGHKGIFETLTNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYALPSYAFIAKDYVTQSALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPEQNKNNVLARILDHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGIYVHNDVVVAFGTPEKQILVEPVFAQWIQASSGKALYGFDVFLSSSNSVATNASSNIWLPGWLEAINSGKNSLFLPIGPGDFLIHHAIALALHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLSMFWMLNTIGWVTFYWHWKHVTIWQGNAGQFNESSTYIMGWLRDYLWLNSSPLINGYNPFGMNSLSVWSWMFLFGHLIWATGFMFLISWRGYWQELIETLVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLIHFTAGYIFTYAAFVIASTTGKFG

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8759.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSHSVKVYDTCIGCTQCVRACPCDVLEMVSWDGCKAGQIASAPRTEDCIGCKRCETACPTDFLSVRVYLGGETTRSMGLAY

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15585.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAETLNLQIPSPTFEGSTGGWLRAAEVEEKYAITWTSPKEQVFEMPTGGAAIMRQGENLLYLARKEQCLALATQVKNSFKITDYKVYRIFPSGEVQYLHPKDGVFPEKVNAGRVGVGNVSHSIGKNLNPAQIKFTSKSFNG

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	7309.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MVKRGSKVRILRKESYWYQDIGTVATIDTSGIRYPVVVRFEKVSYSGVNTNNFSLDEVVEVVAK

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	20849.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MEIFFVKNWVSMLLVCSFLAFPSLAKADVAGLTPCGESKEFARRLDGSVKKLQTRLKKYEAGTPPALALQKQIDKTKNRFDRYGKAGLLCGTDGLPHLIADGRWSHSGEFVIPGLFFLYVAGWIGWVGRSYVLFARTADKPTEKEIIIDVPVALSFVSTGFIWPFSAFKEFTSGNLIVPADEITVSPR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	3628.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MTAAYLPSILVPIIGLIFPGLVMAFAFIYIEQD

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4974.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MDSNFLKYLSTAPVLFTVWLSFTASFIIEANRFFPDMLYFPM

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	16489.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MSQFIKPYNDDPFVGNLATPVSTSSFTKSLLSNLPAYRAGLSPLLRGVEIGLTHGYFLVGPFYKLGPLRNSDVALLSGFFSALGLIIILVACLTIYGVVSFEETEAKDQLQTAKGWRQFTSGWLVGSVGGASFAYILISNIPFLQTAGMSMLK

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3318.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MISDTQIFIALILALVSLVLAIRLGRALYQ

Entity 11 polymer

描述 description	PsaO
分子量 formula_weight	15907.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

SSADMRTAVIFLAVLASASAFAPAAMPTQLGKPAAFTPSLRSARVAPSPLSVVAQSKFEVSDGTPYDLNVPLVGAASFIGWVVPTLLPSQIPLYGGKGLSTAFFASIGTNLAKFPAPPGMTDPFWLLCFIWHSGLFATMILGSIGYNGYAAKK

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK
分子量 formula_weight	8628.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNADLLIALVPQTVAWSAKTGAVMVLSNILCIVAGRYVIQVKGTGPSLPISGSFAGFGLPELLASTSLGHIVGSGAILGLSYVGVL

Entity 13 polymer

描述 description	ACPI-s
分子量 formula_weight	31529.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	s

LTIAFSLTMRTSVLILAGVAVAQAFSPAVVSTGGLTSVRMAQAPPPASGKPLPKAKINCLEVNKKQWGIEGGAAAPGSAAPPAPKKAAVKKAAAAAGGAAVGFSGVPSQFGRPESGVYPAEPSEQTFLGMRGPRAPGHRENFGGKHTATMLAIAALLWQPVSEAGMYRMQGDGSLTKTSFNEFEVPGFGNAKKVPTIESLFPFSSKGFDASPVLFGKNSMIVVEDPRDGCGAYANSGSCHTFLDEIGDALKASPETLPRSEGKATYSFPWMYEHVRGRSRLAVSQLGATQSLSLWVSPVRVW

Entity 14 polymer

描述 description	ACPI-c
分子量 formula_weight	23785.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MLRTALIAACVASASAFAPGFAPMAMKSRSSAVSSMRMQEGDFSAAVPFLKRPTNLDGQYIGDVGFDPLGFSDVFDLRVLREAELKHGRFAMLATLGFIVQELYTFPFFPKMAPVDAHDYFVKQGGGSQIIFWISFVELFGVVALFETLQGKREPGDFAFDPLGLAKDEATLERYRLAEVKHARLAMIAIGGFIHQYWVTKQTVLEQLGNFKSLA

Entity 15 polymer

描述 description	ACPI-a
分子量 formula_weight	23380.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MMRAVLVLATGVASASAFAPAANFAGLSTSSRAAIARGPRMQEMSEAIPFLPKPANIDASMPGYSGFDPLGFSDYYNVKWMQEAEIKHGRICMLAALGMMFPEFGTLPQFSSFSTNPLEAFYQVGPAGWGQILLFIGVLESFSYEKVFYGDSAPGDLGFDPLRMSSNAASAKHYARAEVMNGRLAMIGFSGMLHHAILTKQGPITQIVEQNFVPGAR

Entity 16 polymer

描述 description	ACPI-b
分子量 formula_weight	24814.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MLRNVLIAACVAGTAAFTASPALFRAGAVTRATSGISGMQMQAKSKAVPFLSQPEALDGSMAGDVGFDPFGFSSNFDLKWLREAELKHGRICMLAATGCLVQEVVHLPGEAFSQKMALNAWAAAPRGGMISILVAIGLIELISNRFALTATDMFANPNRVPGDLGFDPLSLGGNGANRARMELAEITHGRAAMMGFSGMVHQMLVSKQAPIEQLMHFKAVDSSMMKLGGAAGNLGY

Entity 17 polymer

描述 description	ACPI-h
分子量 formula_weight	23646.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

SMLRSAVALALVAGATAFAPGAMGPGLQLRAQGAAQRAPARAGLSSLSMAQNPMSKAVADFAESSPEFGGRGLGVTVNAERWNGRHAMFGIFAMVMTSYMKGHGLIPDADKILDVAQWGSLASVWDGAGNGISNERAIILIAHVHVLVVSVIAAVAPFGFQDTLVKEKGYTPEAPAGLIPPFKTGLTPEAELINGRLAMLGIISIVTASVFTGTPVVDTINLGMGKILY

Entity 18 polymer

描述 description	ACPI-m,f,j
分子量 formula_weight	22379.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m,f,j

TVAAVACVASAAAFAPSAPMGVKASTRAVSKIGPRMQAMSDSVPFLKQPEALDGSMAGDVGFDPLGFSSIGDINFLREAELKHGRIAMLAAAGSIAQDIFTFPGVSKVVGTAKMTGVHDILVKQGAMGQLLLWLSFLEVFGTIALLETLDGKRAPGDFKFDPLNFSKNPETFKRYQLAEIKNGRLAMMGVGGMVHGYFITGKGPLELLGNFK

Entity 19 polymer

描述 description	ACPI-e
分子量 formula_weight	22654.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

TMFRLTLLACVASASAFAPSALLPSSGVRVAKTGMRMQENLAIPFLKAPANLDSSMPGYAGFDPLGFSDNYDIKWLQESELKHGRVAMLGVVGLLVPEFVHLPMYDAASTPYDAYTTVPAFALTQILMGCGIHEFRTHKGKMSPDNMFDDGRAPGDFGWGKGKADAVMATKEIKNGRLAMLAFGGILHQQLLTKMGTIAHLTGGFKPLEF

Entity 20 polymer

描述 description	ACPI-l
分子量 formula_weight	18985.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

DNAMPFLEGPPKLDGSLAGDVGFDPVGFSNYFDIRWLREAELKHGRVCMLGVTGLLVQEAICLPQFANGKTPVDDFFVVPAAGLWQVFFTIGAVEFFSNGFKLTPGDMFSEGREAGDLGFDPLGCGKNPDALARRRLVEVKNGRLAMIAFGGMLHQQLLTGQGTLEQLANFKAIN

Entity 21 polymer

描述 description	ACPI-k
分子量 formula_weight	24658.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

AASAFAPAALPSMARTTARSGVTMQLYKDGVMQGKGLVAVPFALAPDSLPADIPGYVGFDPLGLSTLCNLDFLREAEIKHGRVAMLAVTGSLVQDVFQFPGVDKVIGNAKMIGAHDKFIAGAHAGDTRSFAMHQIIFWVGLLEVLTMPALFETMNGGPRQPGDFKFDPLGLGKGDKLARKQLTEIKNGRLAMIGVGGMVHHYLLTGKGPLQFLAGIPNYKSCIDPHMGPLCQ

Entity 22 polymer

描述 description	ACPI-i
分子量 formula_weight	21402.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

LLQGSGRTAAVSGLSGMKMQDMSASVPFLPRPAALDGSMVGDVGFDPLGFTTKYDIKWLREAELKHGRVCMLASLGCIVQEFVHLPSEATSNPVASEAFFQVPAGGLWQIFAAIGIIEHFSNNFKMSGSTMFSDGRAPGDLSFDPLNFGKNPSARARYELAEIKNGRLAMMGFSGMIHGCFITGKGPLGALGSLDWHQSF

Entity 23 polymer

描述 description	ACPI-d
分子量 formula_weight	23069.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

LPPAMFRLSLCAAIVASASAFAPSSVLPTATRRAGAVSAMKMQMPVAIPPLGRPETDMFDGSVPGDAGFDPLVISGWLDSRWLREAEVKHGRVAMLAAAGCIAQDLFTFPGVTQVFSPGTKMSALHDAAVKAGSMQQMLWPIAILETISIAATIQMLQGSGRAPGDFGFDPLGLGKGAKAERMALCEIKNGRLAMIGFSGMMHHYFITGKGPIELLTSR

Entity 24 polymer

描述 description	ACPI-g
分子量 formula_weight	22954.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

AKSKAIPFLDAPPALSESMPGYVGFDPLWVSSMLPDAGYVKFLQEAEIKHGRVAMLAAAGAIVQDIFTFPGVTSVIGNVKMTSVHDTFLSMEGPGKGNQAAMHQLLLWLGILEIATSVAIIQSFKGETNRAPGDFGFDPLGFSKKAGAETMALKEIKNGRLAMIGIGGMVHHYLLTGKGPLQFLGGIPNYKSCVSHPDSLLPWLIKPVGAVLPKIC

Entity 25 polymer

描述 description	PsaR
分子量 formula_weight	13949.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

SFAMAALRCTVLLLAVASASAFVSGPATLALRSNPRAAISRGPQMYSPVPSPEGTKEVYWETKAPSSDVLGIGAGVSSGNFAASSVVALMIGGFCTGQVIPLTSDPNPLFLIGSFLLPYSWALHVAAWIQKNNGK

Entity 26 polymer

描述 description	ACPI-n
分子量 formula_weight	23069.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

LRSVAVCACLASAAAFAPSAVLPRAATRAAALRGPSMQLYKDGKMQGKGVNIIPVFARPDSLDGTIPGDQGFDPFGFSSWVNMKFVSEAEIKHGRLAMLAFAGIMVESIGISFPGATSILGDSKDIFEIHNKAVESGAMGQILLWVGFIEACVGVPAMNEMLSGETSRMPGDFGFDPLGLGKGDKLARKQLVEVTNGRLAMLAVSGIVHHTIITGKGPLQ

Entity 27 polymer

描述 description	PsaQ
分子量 formula_weight	23676.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

YVALAAASAEAFSSPALSGLKMSAEPTQISRKDLLSTAAAGIIAVPAIAGAASLDPKTGFPVQSGGRDTLCGGSASAGCQPMTQAASITDKQKTVLAGKITVAANKVPVLTAAVEKMKSGKKPKMDRDYVLRFSALYLTTLVDAMDQYCLRDANGAKAAGGAGIPKVGGFKSTLAPSSASALYGNVDSIKEDMQTIRDAAFKGDFDGVIKAAGDIQTSATAFLGQANPPIVFN

Entity 28 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 29 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	255

Entity 30 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 31 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 32 non-polymer

描述 description	;1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1R)-2,6,6-trimethylcyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohexene ;
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	29

Entity 33 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 34 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 35 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 36 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 37 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 38 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	564.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	58

Entity 39 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	550.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 40 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c2
分子量 formula_weight	608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 41 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	422

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.080 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.08 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	38563

fit	/app/data/saxs_computation/kz/9kz9/9kz9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kz/9kz9/9kz9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kz/9kz9/9kz9.dat

Cryo-EM structure of PSI-ACPI from Rhodomonas sp. NIES-2332 at 2.08 angstroms resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (41)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

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Entity 41 water