9kzl

Crystal structure of the functional unit (HtH1-h) of hemocyanin from Haliotis discus hannai,Containing a met site

Method: X-RAY DIFFRACTION

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kzl
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
最后修订 last_revision	2025-01-15
结构标题 title	Crystal structure of the functional unit (HtH1-h) of hemocyanin from Haliotis discus hannai,Containing a met site
关键词 keywords	Orbicular, copper coordination, Met state, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemocyanin type 1
分子量 formula_weight	56653.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13136

VLIRKEVDLLSLKEANAIKDALYKLQNDHSKGGFEEIAGYHGYPNKCPEKGDDKYPCCVHGMPIFPHWHRLHTIQMERALKNHGSQIGIPYWNWTKRMSSIPAFFGDDSNNNPFYKYHIRAVNQYTTRDVDVELFNQTKFGEYDYLYYLTLQVLEENSFCDFEVQYEILHNAVHAWLGGAGKYSMSTLEYSAYDPVFMIHHSSLDRIWILWQQLQKRRMKPYYAADCAGDLMKFPMHPFSYKSENEDEFTRVNSVPNIVFDHYKFNYDYDNMRIRGHDINELEAIINELRNKDRIFAGFVLSGIRITATVKVFIHGTGAEHEEFAGKFAILGGEKEMPWAYERLLKLDITDAVHHLHLKDEEIRFRMEVTYYNGVPVSTKLADPLIVHRPAHASHDILVIPVGKGHELPPKVVVKSGTKIEFTPIDSSVDRAMVELGSFTAMAKCIVPPFTYNAFELNKVYSVDHGDYYITAGTHELCEQNVRLNVHVE

Entity 2 polymer

描述 description	Hemocyanin type 1
分子量 formula_weight	56639.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

VLIRKEVDLLSLKEANAIKDALYKLQNDHSKGGFEEIAGYHGYPNKCPEKGDDKYPCCVHGMPIFPHWHRLHTIQMERALKNHGSQIGIPYWNWTKRMSSIPAFFGDDSNNNPFYKYHIRAVNQYTTRDVDVELFNQTKFGEYDYLYYLTLQVLEENSFCDFEVQYEILHNAVHAWLGGAGKYSMSTLEYSAYDPVFMIHHSSLDRIWILWQQLQKRRMKPYYAADCAGDLMKFPMHPFSYKSENEDEFTRVNSVPNIVFDHYKFNYDYDNMRIRGHDINELEAIINELRNKDRIFAGFVLSGIRITATVKVFIHGTGADHEEFAGKFAILGGEKEMPWAYERLLKLDITDAVHHLHLKDEEIRFRMEVTYYNGVPVSTKLADPLIVHRPAHASHDILVIPVGKGHELPPKVVVKSGTKIEFTPIDSSVDRAMVELGSFTAMAKCIVPPFTYNAFELNKVYSVDHGDYYITAGTHELCEQNVRLNVHVE

Entity 3 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	HYDROXIDE ION
分子量 formula_weight	17.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	OXYGEN ATOM
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1103

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	168.573 Å
晶胞边长 b length_b	117.675 Å
晶胞边长 c length_c	97.588 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	28.600 Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1669
R_free r_free	0.2089

Crystal structure of the functional unit (HtH1-h) of hemocyanin from Haliotis discus hannai,Containing a met site

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (0)