9kzu

Cryo-EM structure of the HCV IRES-dependently initiated CMV-stalled 80S ribosome (non-rotated state) in complexed with eIF3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 311.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9kzu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9kzu
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9kzu
沉积日期 deposition_date2024-12-11
结构标题 titleCryo-EM structure of the HCV IRES-dependently initiated CMV-stalled 80S ribosome (non-rotated state) in complexed with eIF3
关键词 keywordsHCV IRES, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron117.00
零角强度 I(0) i0355076000000.00
分子量 molecular_weight3619000.0 kDa
排除体积 excluded_volume3921200 ų
包络体积 envelope_volume7353600 ų
水化壳体积 shell_volume507940 ų
包络直径 envelope_diameter472.2
壳层 Rg shell_rg117.50
包络 Rg envelope_rg121.60
形状 Rg shape_rg117.40
总 Rg total_rg116.20
总原子数 total_atoms245916
残基数 n_residues20861
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax311.2
Rg (实空间) rg_real101.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.29
I(0) (实空间) i0_real3.3780e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7060e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal104.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal349300000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8993
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary119.7
偏度 Skewness skewness0.336
峰度 Kurtosis kurtosis-0.252
角度范围 angular_range— – 0.0650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.4410
最高正则化参数 α highest_alpha16620000000.0000
实空间数据点数 n_real_points14
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.013; Oscil: 0.936; Stabil: 0.980; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.001

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (94)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)