SAXSdb — 9l12

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l12
沉积日期 deposition_date	2024-12-13
最后修订 last_revision	2025-06-11
结构标题 title	Crystal structure of Cas12h ternary complex
关键词 keywords	RNA, DNA, Complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.04 Å
零角强度 I(0) i0	2900310000.00
分子量 molecular_weight	388910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	460010 Å³
包络体积 envelope_volume	772350 Å³
水化壳体积 shell_volume	106540 Å³
包络直径 envelope_diameter	194.5 Å
壳层 Rg shell_rg	64.00 Å
包络 Rg envelope_rg	57.28 Å
形状 Rg shape_rg	59.04 Å
总 Rg total_rg	59.12 Å
总原子数 total_atoms	26996
残基数 n_residues	2885
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	192.5 Å
Rg (实空间) rg_real	58.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9000e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6180e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2901000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8891
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.130
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.726
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	210600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.798

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Cas12h
分子量 formula_weight	100025.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	26996

MKVHEIPRSQLLKIKQYEGSFVEWYRDLQEDRKKFASLLFRWAAFGYAAREDDGATYISPSQALLERRLLLGDAEDVAIKFLDVLFKGGAPSSSCYSLFYEDFALRDKAKYSGAKREFIEGLATMPLDKIIERIRQDEQLSKIPAEEWLILGAEYSPEEIWEQVAPRIVNVDRSLGKQLRERLGIKCRRPHDAGYCKILMEVVARQLRSHNETYHEYLNQTHEMKTKVANNLTNEFDLVCEFAEVLEEKNYGLGWYVLWQGVKQALKEQKKPTKIQIAVDQLRQPKFAGLLTAKWRALKGAYDTWKLKKRLEKRKAFPYMPNWDNDYQIPVGLTGLGVFTLEVKRTEVVVDLKEHGKLFCSHSHYFGDLTAEKHPSRYHLKFRHKLKLRKRDSRVEPTIGPWIEAALREITIQKKPNGVFYLGLPYALSHGIDNFQIAKRFFSAAKPDKEVINGLPSEMVVGAADLNLSNIVAPVKARIGKGLEGPLHALDYGYGELIDGPKILTPDGPRCGELISLKRDIVEIKSAIKEFKACQREGLTMSEETTTWLSEVESPSDSPRCMIQSRIADTSRRLNSFKYQMNKEGYQDLAEALRLLDAMDSYNSLLESYQRMHLSPGEQSPKEAKFDTKRASFRDLLRRRVAHTIVEYFDDCDIVFFEDLDGPSDSDSRNNALVKLLSPRTLLLYIRQALEKRGIGMVEVAKDGTSQNNPISGHVGWRNKQNKSEIYFYEDKELLVMDADEVGAMNILCRGLNHSVCPYSFVTKAPEKKNDEKKEGDYGKRVKRFLKDRYGSSNVRFLVASMGFVTVTTKRPKDALVGKRLYYHGGELVTHDLHNRMKDEIKYLVEKEVLARRVSLSDSTIKSYKSFAHV

来源 Source

来源生物 organism	unidentified
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32644
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (28-MER)
分子量 formula_weight	8603.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F,J

AGGCTTGGTCTGTTTGCAGCCATCGACT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPGPTPCPGPAPTPGPTPTPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	4566.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K

AGTCGATGTTCTTCT

Entity 4 polymer

描述 description	RNA (56-MER)
分子量 formula_weight	18124.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L

GGUGCUGGCCGCUCUCGCUAGAGGGAGGUCAGAGCACGCUGCAAACAGACCAAGCC

来源 Source

来源生物 organism	unidentified
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32644
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	155.527 Å
晶胞边长 b length_b	155.527 Å
晶胞边长 c length_c	479.655 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.810 Å
最低分辨率 resolution_low	28.420 Å
R 因子 r_factor	0.3345
R_work r_work	0.3343
R_free r_free	0.3392

fit	/app/data/saxs_computation/l1/9l12/9l12.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l1/9l12/9l12.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l1/9l12/9l12.dat

Crystal structure of Cas12h ternary complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)