SAXSdb — 9l2k

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l2k
沉积日期 deposition_date	2024-12-17
结构标题 title	The crystal structure of SFTSV Gn and SD22 antibody complex
关键词 keywords	;SD22, SFTSV, Antibody, Gn, Severe fever with thrombocytopenia virus, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.80 Å
零角强度 I(0) i0	64607000.00
分子量 molecular_weight	60701.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74878 Å³
包络体积 envelope_volume	92427 Å³
水化壳体积 shell_volume	28648 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.92 Å
包络 Rg envelope_rg	28.20 Å
形状 Rg shape_rg	27.78 Å
总 Rg total_rg	28.47 Å
总原子数 total_atoms	4262
残基数 n_residues	550
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	64610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6206
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.464
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.209
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.2878
最高正则化参数 α highest_alpha	11960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.813; Smooth: 0.994

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelopment polyprotein
分子量 formula_weight	37958.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4262

MGWSCIILFLVATATGVHSGDSGPIICAGPIHSNKSAGIPHLLGYSEKICQIDRLIHVSSWLRNHSQFQGYVGQRGGRSQVSYYPAENSYSRWSGLLSPCDADWLGMLVVKKARESDMIVPGPSYKGKVFFERPTFDGYVGWGCGSGKSRTESGELCSSDSGTSSGLLPSDRVLWIGDVACQLMTPIPEETFLELKSFSQSEFPDICKIDGIVFNQCEGESLPQPFDVAWMDVGHSHKIIMREHKTKWVQESSSKDFVCYKEGTGPCSESEEKACKTSGSCRGDMQFCKVAGCEHGEETSEAKCRCSLVHKPGEVVVSYGGMRVRPKCYGFSRMMATLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus
通用名 common_name	Severe fever with thrombocytopenia virus, Huaiyangshan banyangvirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1003835
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	SD22 heavy chain
分子量 formula_weight	23785.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSGFGMHWVRQAPGKGLEWVALISYDGSDTYYSDSVKGRFTISRDNSKNTLYLQLKSLRPDDTAVYYCVGDRDYFGSGFFDHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	SD22 light chain
分子量 formula_weight	23487.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASIGDRVTITCRASRHITNHLNWYQHKPGRAPKLLIYEASNLQAGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDFATYYCQQYDNLPPAFGGGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.471 Å
晶胞边长 b length_b	70.346 Å
晶胞边长 c length_c	177.469 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.780 Å
最低分辨率 resolution_low	41.940 Å
R 因子 r_factor	0.3059
R_work r_work	0.3040
R_free r_free	0.3122

fit	/app/data/saxs_computation/l2/9l2k/9l2k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l2/9l2k/9l2k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l2/9l2k/9l2k.dat

The crystal structure of SFTSV Gn and SD22 antibody complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)