9l2o

Cryo-EM structure and rational engineering of a novel efficient ochratoxin A-detoxifying amidohydrolase

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 137.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l2o
沉积日期 deposition_date	2024-12-17
结构标题 title	Cryo-EM structure and rational engineering of a novel efficient ochratoxin A-detoxifying amidohydrolase
关键词 keywords	amide hydrolase, Iron-binding, Ochratoxin A, ZN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.55 Å
零角强度 I(0) i0	1808160000.00
分子量 molecular_weight	344640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	427670 Å³
包络体积 envelope_volume	551370 Å³
水化壳体积 shell_volume	98170 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.5 Å
壳层 Rg shell_rg	52.51 Å
包络 Rg envelope_rg	44.19 Å
形状 Rg shape_rg	44.49 Å
总 Rg total_rg	45.04 Å
总原子数 total_atoms	24224
残基数 n_residues	3184
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.0 Å
Rg (实空间) rg_real	44.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8080e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1809000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8819
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.141
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.362
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	135900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.778

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Imidazolonepropionase
分子量 formula_weight	43481.8 kDa
突变 mutation	G88Y/I325A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	24224

EPVALHCGKLFDARSGRVLGPHTVVVRDGRIDQLISGGHADVVGLAAVDLRNRTCLPGWTDLHVHLGYESSPQSYSEGFRLDPIDFAYRSVGYAERTLLAGFTSVRDLGGEVSPHLRDAVNQGLVKGPRIFAAGKSIATTGGHADPTNGWNDQLSHLIGPPGPTEGVVNSVDEARQAVRQRYKDGSDVIKITATGGVLSYAKSGDAPQFTVDEVKAIVDTANDYGYKVAAHAHGTEGMKRAILGGVTSIEHGTYMTDEVMRLMKQHGTWYVPTISAGRFVAEKAKIDGYFPEVVRPKAARIGAQAQDTAAKAYRNGVKIAFGTNMGVGPHGDNAREFIYMVEAGIPAATALQSATVLAAEVLGVDDQGAIETGKRADIIAMPGDPVADINAVLNVDFVMKDGEIFRQP

来源 Source

来源生物 organism	Pseudoxanthomonas wuyuanensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1073196
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-2-[[(3~{R})-5-chloranyl-3-methyl-8-oxidanyl-1-oxidanylidene-3,4-dihydroisochromen-7-yl]carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid ;
分子量 formula_weight	403.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (2)

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分辨率 resolution	2.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	94365

fit	/app/data/saxs_computation/l2/9l2o/9l2o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l2/9l2o/9l2o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l2/9l2o/9l2o.dat