9l2t

Cryo-electron microscopic structure of a novel amidohydrolase with three mutations

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 134.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l2t
沉积日期 deposition_date	2024-12-17
结构标题 title	Cryo-electron microscopic structure of a novel amidohydrolase with three mutations
关键词 keywords	amide hydrolase, Iron-binding, Ochratoxin A, ZN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.21 Å
零角强度 I(0) i0	1772040000.00
分子量 molecular_weight	339410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	420400 Å³
包络体积 envelope_volume	537820 Å³
水化壳体积 shell_volume	96427 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.9 Å
壳层 Rg shell_rg	52.14 Å
包络 Rg envelope_rg	43.92 Å
形状 Rg shape_rg	44.17 Å
总 Rg total_rg	44.63 Å
总原子数 total_atoms	23864
残基数 n_residues	3152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.9 Å
Rg (实空间) rg_real	44.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1773000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8826
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.138
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	133400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.756

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Amide hydrolase LlADH
分子量 formula_weight	44586.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,A,B,C,D,E,F,H
原子数 atom_count	23864

QSPATAVHCGRLFDSRSGKVLGPHTVLVRDGRIAQVTSGGHADVAGVPSIDLSGHTCTPGWTDLHVHLAYQSSPDSYSEGFRLDEVDYAFRAVGYAKQTLLAGFTSVRDLGGEVAPHLRDAINQGLVAGPRIWAAGKSIATTGGHADPTNGYNSTLSHLLGPPGPTEGVINSVDDARQAVRQRYKEGSDVIKITATGGVLSYAKSGDAPQFTVDEVAAIVATAHDYGYRVAAHAHGEEGMRRAVEAGVTSIEHGTYMSDEVMALMKRKGTWYIPTVYAGRFVADKAKVDGYFPEVVRPKAARIGALAQDTAARAYRAGVPMAFGTNMGVGPHGDNAREFIYLVEAGIPAAKALQMATIDAARVLGIDDQGRIAPGQRADIVAVPGNPVDDIQAVLAVEFVMKDGVVYRQPGAAVPGETDRAGH

来源 Source

来源生物 organism	Novilysobacter luteus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2822368
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-2-[[(3~{R})-5-chloranyl-3-methyl-8-oxidanyl-1-oxidanylidene-3,4-dihydroisochromen-7-yl]carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid ;
分子量 formula_weight	403.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.690 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.69 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	255369

fit	/app/data/saxs_computation/l2/9l2t/9l2t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l2/9l2t/9l2t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l2/9l2t/9l2t.dat

Cryo-electron microscopic structure of a novel amidohydrolase with three mutations

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D