9l35

Crystal structure of C45G9.5 protein from Caenorhabditis elegans

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l35
沉积日期 deposition_date	2024-12-17
最后修订 last_revision	2025-12-17
结构标题 title	Crystal structure of C45G9.5 protein from Caenorhabditis elegans
关键词 keywords	C45G9.5, Caenorhabditis elegans, beta-propeller, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.72 Å
零角强度 I(0) i0	75848300.00
分子量 molecular_weight	68014.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85076 Å³
包络体积 envelope_volume	102320 Å³
水化壳体积 shell_volume	32273 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.76 Å
包络 Rg envelope_rg	26.66 Å
形状 Rg shape_rg	26.72 Å
总 Rg total_rg	27.46 Å
总原子数 total_atoms	9444
残基数 n_residues	599
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6908
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.442
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.331
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	5.0250
最高正则化参数 α highest_alpha	23990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 0.915; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.636

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein C45G9.5
分子量 formula_weight	34579.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10054

GSLVPRGSAMGSQRFDEMLLHLEPRGARVPYNVVYDQDNNIWVASKGGLYKFNGKTLRTLHEDKKFFKKMAPFPQVISYKDRIIYTSAEFSDRTTILRVISLDGDVVHESFIEGLLNSMTITDSGDMYIVKQAEPGHRNNFIMTTHLDTPIGWDVVAESKPGEAFSRICALDDKTLVASINDFPMNMFSKQRLVFYDLETNTETGSTSKAGKEPGEIFFPRFIKKYGDGFILNDKSGRFSEFKKNGEFVAIRARIDAFLGEGFDVKDGEALMALTGMVKDPNEQLICDDWLETIKLDGSSWKADRE

来源 Source

来源生物 organism	Caenorhabditis elegans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6239
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	610

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.475 Å
晶胞边长 b length_b	76.033 Å
晶胞边长 c length_c	137.371 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.597 Å
最低分辨率 resolution_low	25.466 Å
R 因子 r_factor	0.1765
R_work r_work	0.1756
R_free r_free	0.2124

fit	/app/data/saxs_computation/l3/9l35/9l35.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l3/9l35/9l35.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l3/9l35/9l35.dat

Crystal structure of C45G9.5 protein from Caenorhabditis elegans

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction