9l3v

structure of WEEV strain 71V1658 virus-like particle(3-fold region)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 176.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l3v
沉积日期 deposition_date	2024-12-19
最后修订 last_revision	2025-08-27
结构标题 title	structure of WEEV strain 71V1658 virus-like particle(3-fold region)
关键词 keywords	WEEV, VLP, E2-E1 glycoproteins, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.10 Å
零角强度 I(0) i0	1136310000.00
分子量 molecular_weight	280850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	351470 Å³
包络体积 envelope_volume	554830 Å³
水化壳体积 shell_volume	87200 Å³
包络直径 envelope_diameter	179.7 Å
壳层 Rg shell_rg	55.83 Å
包络 Rg envelope_rg	53.10 Å
形状 Rg shape_rg	53.00 Å
总 Rg total_rg	53.53 Å
总原子数 total_atoms	19743
残基数 n_residues	2571
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.5 Å
Rg (实空间) rg_real	53.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1137000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8827
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.187
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.435
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Structural polyprotein
分子量 formula_weight	47326.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	19743

FEHATTVPNVPGIPYKALVERAGYAPLNLEITVVSSELTPSTNKEYVTCKFHTVIPSPQVKCCGSLECKASSKADYTCRVFGGVYPFMWGGAQCFCDSENTQLSEAYVEFAPDCTIDHAVALKVHTAALKVGLRIVYGNTTAHLDTFVNGVTPGSSRDLKVIAGPISAAFSPFDHKVVIRKGLVYNYDFPEYGAMKPGAFGDIQASSLDATDIVARTDIRLLKPSVKNIHVPYTQAVSGYEMWKNNSGRPLQETAPFGCKIEVEPLRASNCAYGHIPISIDIPDAAFVRSSESPTILEVSCTVADCIYSADFGGSLTLQYKADREGHCPVHSHSTTAVLKEATTHVTAVGSITLHFSTSSPQANFIVSLCGKKSTCNAECKPPADHIIGEPHKVDQEFQAAVSKTSWNWLLALFGGASSLIVVGLIVLVCSSMLINTRR

来源 Source

来源生物 organism	Western equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11039
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Structural polyprotein
分子量 formula_weight	46435.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

SITDDFTLTSPYLGFCPYCRHSTPCFSPIKIENVWDESDDGSIRIQVSAQFGYNQAGTADVTKFRYMSFDHDHDIKEDSMEKIAISTSGPCRRLGHKGYFLLAQCPPGDSVTVSITSGASENSCTVEKKIRRKFVGREEYLFPPVHGKLVKCHVYDHLKETSAGYITMHRPGPHAYKSYLEEASGEVYIKPPSGKNVTYECKCGDYSTGIVSTRTKMNGCTKAKQCIAYKSDQTKWVFNSPDLIRHTDHSVQGKLHIPFRLTPTVCPVPLAHTPTVTKWFKGITLHLTAMRPTLLTTRKLGLRADATAEWITGSTSRNFSVGREGLEYVWGNHEPVRVWAQESAPGDPHGWPHEIIIHYYHRHPVYTVIVLCGVALAILVGTASSAACIAKARRDCLTPYALAPNATVPTALAVLCCI

来源 Source

来源生物 organism	Western equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11039
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.530 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	842545

fit	/app/data/saxs_computation/l3/9l3v/9l3v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l3/9l3v/9l3v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l3/9l3v/9l3v.dat

structure of WEEV strain 71V1658 virus-like particle(3-fold region)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)