9l55

Plastid Localized Exonuclease 1 (D249A) complexed with DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l55
沉积日期 deposition_date	2024-12-22
结构标题 title	Plastid Localized Exonuclease 1 (D249A) complexed with DNA
关键词 keywords	Exonuclease, PLANT PROTEIN/DNA, PLANT PROTEIN-DNA complex; PLANT PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.63 Å
零角强度 I(0) i0	98226100.00
分子量 molecular_weight	74408.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90600 Å³
包络体积 envelope_volume	132690 Å³
水化壳体积 shell_volume	29872 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.28 Å
包络 Rg envelope_rg	39.80 Å
形状 Rg shape_rg	40.72 Å
总 Rg total_rg	40.41 Å
总原子数 total_atoms	9751
残基数 n_residues	639
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.6 Å
Rg (实空间) rg_real	38.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.8230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	98180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7269
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.550
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.460; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.343; Smooth: 0.722

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	;5'-3' exonuclease family protein ;
分子量 formula_weight	36697.6 kDa
突变 mutation	D249A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9806

GSRIMLVDGTSMMYRSYYKILAQLQHGQLEHADGNGDWVLTIFKALSLLLDMLEFIPSHAAVVFDHDGVPYGHYTAMPSKECHMAKGMTFRHMLYPAYKSNRTPTPDTVVQGMQYLKASIKAMSIKVIEVPGVEADDVIGTLAINSVSAGYKVRIVSPAKDFFQILSPSLRLLRIAPRGSGMVSFGVEDFVKRYGPLKPSQFVDVVALSGDKADNIPGVEGIGDINAVKLISKFGSLDNLLKSVDEVEDERIKQALISHSEQAILCKNLATLRSDLPHYMVPFKTADLVFKKPQDDGEKFIKLLRALEAYAEGSSVNPIIRRAAYLWNKLK

来源 Source

来源生物 organism	Zea mays
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4577
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPAPCPCPTPCPAPCPAPCPCPAPCPTPTPAPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5379.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TACCTCACACCACTTAAT

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPTPAPAPGPTPGPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3099.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

ATTAAGTGGT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPTPGPAPGPGPTPA)-3') ;
分子量 formula_weight	2506.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GTGAGGTA

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.450 Å
晶胞边长 b length_b	104.400 Å
晶胞边长 c length_c	117.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.870 Å
最低分辨率 resolution_low	30.380 Å
R 因子 r_factor	0.2720
R_work r_work	0.2687
R_free r_free	0.3151

fit	/app/data/saxs_computation/l5/9l55/9l55.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l5/9l55/9l55.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l5/9l55/9l55.dat

Plastid Localized Exonuclease 1 (D249A) complexed with DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)