9l5m

X-ray structure of sarcoplasmic Ca-binding protein (SCP), a calcium ion-binding protein from Pinctada fucata

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l5m
沉积日期 deposition_date	2024-12-23
最后修订 last_revision	2025-11-05
结构标题 title	X-ray structure of sarcoplasmic Ca-binding protein (SCP), a calcium ion-binding protein from Pinctada fucata
关键词 keywords	EF-hand, calcium-binding, sarcoplasmic, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.00 Å
零角强度 I(0) i0	61197100.00
分子量 molecular_weight	62807.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79050 Å³
包络体积 envelope_volume	100310 Å³
水化壳体积 shell_volume	29710 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.27 Å
包络 Rg envelope_rg	28.66 Å
形状 Rg shape_rg	28.97 Å
总 Rg total_rg	29.72 Å
总原子数 total_atoms	4428
残基数 n_residues	540
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.9 Å
Rg (实空间) rg_real	29.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6700
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.293
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.582
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.050; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.922

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Sarcoplasmic Ca-binding protein (SCP)
分子量 formula_weight	20890.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4718

GSHMDYLTGKWKLWYKMLDVNHDGKISIEDVEESRNKFTNLHELLEEKAKGVKVDMENWWTEYIFGQNGPKEISEADFVKRLQTAYETDKAAFVKKMENCFNTIFDVIDTNKDRQIELDEFVLVFKAFGHENEPAVTKFFGLYNAPAGIPIKDIVAYVKFTTSDNSNDTDYVNQSLKLVL

来源 Source

来源生物 organism	Pinctada fucata
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	50426
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	290

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.823 Å
晶胞边长 b length_b	55.916 Å
晶胞边长 c length_c	102.164 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	35.140 Å
R 因子 r_factor	0.2124
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2181

fit	/app/data/saxs_computation/l5/9l5m/9l5m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l5/9l5m/9l5m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l5/9l5m/9l5m.dat

X-ray structure of sarcoplasmic Ca-binding protein (SCP), a calcium ion-binding protein from Pinctada fucata

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction