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Rhodothermus marines cellobiose 2-epimerase RmCE in complex with mannobiitol

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l8k
沉积日期 deposition_date	2024-12-27
最后修订 last_revision	2025-07-23
结构标题 title	Rhodothermus marines cellobiose 2-epimerase RmCE in complex with mannobiitol
关键词 keywords	cellobiose 2-epimerase, mannobiitol, epimerization, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.02 Å
零角强度 I(0) i0	38471300.00
分子量 molecular_weight	47179.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58556 Å³
包络体积 envelope_volume	64564 Å³
水化壳体积 shell_volume	25639 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.73 Å
包络 Rg envelope_rg	20.33 Å
形状 Rg shape_rg	19.99 Å
总 Rg total_rg	20.98 Å
总原子数 total_atoms	3343
残基数 n_residues	407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.4 Å
Rg (实空间) rg_real	21.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.058
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.518
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Cellobiose 2-epimerase
分子量 formula_weight	47386.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.3.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3592

VSTETIPDVRRLRALQAEVHEELTENILKFWATRTPDPVHGGFVGRVGPDGRPHPEAPRGAILNARILWTFAAAYRQLGTPLYREMAERAYRYFVRHFVDAEHGGVYWMVAADGRPLDTRKHVYAQSFAIYALSEWHRATGGEAALALARSIYDLIETHCADRVHGGYVEACDRAWRPLEDARLSAKDAPEPRSMNTHLHVLEAYANLYRVWPETELAARLQALIELFLRAIYHPATGHLILFFDERWRPRSRAVSFGHDIEASWLLLEAVDVLGQATLRPRVQQASLHLARATLAEGRAPDGSLYYEIGEQGHLDTDRHWWPQAEALVGFLNAYQESGEVLFYEAAEDVWRYIRERQRDTRGGEWFARVRDDGAPYPDDKVDFWKGPYHNGRACLEAIQRLRHLLEHVRSR

来源 Source

来源生物 organism	Rhodothermus marinus JCM 9785
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1295135
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	D-MANNITOL
分子量 formula_weight	182.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	beta-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	243

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.842 Å
晶胞边长 b length_b	87.192 Å
晶胞边长 c length_c	93.713 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	46.856 Å
R 因子 r_factor	0.1671
R_work r_work	0.1653
R_free r_free	0.2014

fit	/app/data/saxs_computation/l8/9l8k/9l8k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l8/9l8k/9l8k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l8/9l8k/9l8k.dat