SAXSdb — 9l8u

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l8u
沉积日期 deposition_date	2024-12-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of ASFV DNA polymerase in a DNA replication state
关键词 keywords	Virus, DNA polymerase, ASFV, DNA BINDING PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.77 Å
零角强度 I(0) i0	253745000.00
分子量 molecular_weight	123490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	152670 Å³
包络体积 envelope_volume	189120 Å³
水化壳体积 shell_volume	48159 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.98 Å
包络 Rg envelope_rg	31.53 Å
形状 Rg shape_rg	31.80 Å
总 Rg total_rg	32.32 Å
总原子数 total_atoms	8649
残基数 n_residues	1013
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	253800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9064
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.136
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.568
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.941

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	115127.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8649

ISIMDRSEIVARENPVITQRVTNLLQTNAPLLFMPIDIHEVRYGAYTLFMYGSLENGYKAEVRIENIPVFFDVQIEFNDTNQLFLKSLLTAENIVYERLETLTQRPVMGYREKEKEFAPYIRIFFKSLYERRKAITYLNNMGYNTAADDTTCYYRMVSRELKLPLTSWIQLQHYSYEPRGLVHRFSVTPEDLVSYQNDGPTDHSIVMAYDIETYSPVKGTVPDPNQANDVVFMICMRIFWIHSTEPLASTCITMAPCKKSSEWTTILCSSEKNLLLSFAEQFSRWAPDICTGFNDSRYDWPFIVEKSMQHGILEEIFNKMSLFWHQKLDTILKCYYVKEKRVKISAEKSIISSFLHTPGCLPIDVRNMCMQLYPKAEKTSLKAFLENCGLDSKVDLPYHLMWKYYETRDSEKIADVAYYCIIDAQRCQDLLVRHNVIPDRREVGILSYTSLYDCIYYAGGHKVCNMLIAYAIHDEYGRIACSTIARGKREHGKYPGAFVIDPVKGLEQDKPTTGLDFASLYPSLIMAYNFSPEKFVASRDEANSLMAKGESLHYVSFHFNNRLVEGWFVWHNNVPDKMGLYPKVLIDLLNKRTALKQELKKLGEKKECIHESHPGFKELQFRHAMVDAKQKALKIFMNTFYGEAGNNLSPFFLLPLAGGVTSSGQYNLKLVYNFVINKGYGIKYGDTDSLYITCPDSLYTEVTDAYLNSQKTIKHYEQLCHEKVLLSMKAMSTLCAEVNEYLRQDNGTSYLRMAYEEVLFPVCFTGKKKYYGIAHVNTPNFNTKELFIRGIDIIKQGQTKLTKTIGTRIMEESMKLRRPEDHRPPLIEIVKTVLKDAVVNMKQWNFEDFIQTDAWRPDKDNKAVQIFMSRMHARREQLKKHGAAASQFAEPEPGERFSYVIVEKQVQFDIQGHRTDSSRKGDKMEYVSEAKAKNLPIDILFYINNYVLGLCARFINENEEFQPPDNVSNKDEYAQRRAKSYLQKFVQSIHPK

来源 Source

来源生物 organism	Asfarviridae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	137992
宿主生物 host_organism	Eukaryota

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPAPAPGPGPTPAPGPGPGPGPAPGPGPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5067.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TAAGGTAGGGGAGGAT

来源 Source

来源生物 organism	Asfarviridae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	137992
宿主生物 host_organism	Eukaryota

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPCPCPTPCPCPCPCPTP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3229.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ATCCTCCCCTA

来源 Source

来源生物 organism	Asfarviridae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	137992
宿主生物 host_organism	Eukaryota

Entity 4 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	696619

fit	/app/data/saxs_computation/l8/9l8u/9l8u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l8/9l8u/9l8u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l8/9l8u/9l8u.dat

Cryo-EM structure of ASFV DNA polymerase in a DNA replication state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)