9l9m

Structure of Gh-TDH in Complex with 10-nt match Double-Stranded DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l9m
沉积日期 deposition_date	2024-12-30
最后修订 last_revision	2026-01-14
结构标题 title	Structure of Gh-TDH in Complex with 10-nt match Double-Stranded DNA
关键词 keywords	Hemolysin, Nuclease, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.34 Å
零角强度 I(0) i0	9753720.00
分子量 molecular_weight	21009.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25269 Å³
包络体积 envelope_volume	32223 Å³
水化壳体积 shell_volume	15114 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.5 Å
壳层 Rg shell_rg	24.25 Å
包络 Rg envelope_rg	21.94 Å
形状 Rg shape_rg	20.21 Å
总 Rg total_rg	21.26 Å
总原子数 total_atoms	1469
残基数 n_residues	169
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3350e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8640e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9753000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6606
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.553
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.170
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.8090
最高正则化参数 α highest_alpha	957700.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 0.989; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Thermostable direct hemolysin-related
分子量 formula_weight	18643.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1643

FELPSIPFPSPGSDEILFVVRDTTFNTKEPVNVKVSDFWTNRNVKRKPYKDVYGQSVFTTSGSKWLTSYMTVSINNKDYTMAAVSGYKDGFSSVFVKSGQIQLQHYYNSVADFVGGDENSIPSKTYLDETPEYFVNVEAYESGSGNILVMCISNKESYFECESQQ

来源 Source

来源生物 organism	Grimontia hollisae
通用名 common_name	Vibrio hollisae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	673
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPCPTPAPTPAPGPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3044.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CTCTATAGAG

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	174

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.728 Å
晶胞边长 b length_b	79.728 Å
晶胞边长 c length_c	75.428 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.420 Å
最低分辨率 resolution_low	25.070 Å
R 因子 r_factor	0.1854
R_work r_work	0.1846
R_free r_free	0.2012

fit	/app/data/saxs_computation/l9/9l9m/9l9m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l9/9l9m/9l9m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l9/9l9m/9l9m.dat

Structure of Gh-TDH in Complex with 10-nt match Double-Stranded DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)