SAXSdb — 9l9o

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l9o
沉积日期 deposition_date	2024-12-30
结构标题 title	Cryo-EM structure of apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nb complex
关键词 keywords	G-protein coupled receptor, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.51 Å
零角强度 I(0) i0	158113000.00
分子量 molecular_weight	104350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131500 Å³
包络体积 envelope_volume	199970 Å³
水化壳体积 shell_volume	41409 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.62 Å
包络 Rg envelope_rg	39.98 Å
形状 Rg shape_rg	41.46 Å
总 Rg total_rg	41.92 Å
总原子数 total_atoms	7350
残基数 n_residues	946
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	158100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8228
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.280
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.622
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.920; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.932; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	anti-Fab Nb
分子量 formula_weight	17727.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	7350

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMGSQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVSSGGDDDDKSNSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	anti-BRIL Fab Light Chain
分子量 formula_weight	25638.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVSAIVLYVLLAAAAHSAFAADPSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYYSLVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	anti-BRIL Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	31174.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVSAIVLYVLLAAAAHSAFAADPEISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVVDFSLHWVRQAPGKGLEWVAYISSSSGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARWGYWPGEPWWKAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSHHHHHHHHLVPRGSENLYFQSNSPSRLEEELRRRLTE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Melatonin-related receptor,Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	59741.7 kDa
突变 mutation	M29W,H124I,R128L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MRLLTALFAYFIVALILAFSVSAKSMGPTLAVPTPYGCIGCKLPQPEYPPALIIFMFCAMVITIVVDLIGNSMVILAVTKNKKLRNSGNIFVVSLSVADMLVAIYPYPLMLHAMSIGGWDLSQLQCQMVGFITGLSVVGSIFNIVAIAINRYCYICHSLQYERIFSVRNTCIYLVITWIMTVLAVLPNMYIGTIEYDPRTYTCIFNYLNNPVFTVTIVCIHFVLPLLIVGFCYVRIWTKVLAARRQLADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLERARSTLDNQLAEVRNFLTMFVIFLLFAVCWCPINVLTVLVAVSPKEMAGKIPNWLYLAAYFIAYFNSCLNAVIYGLLNENFRREYWTIFHAMRHPIIFFSGLISDIREMQEARTLARARAHARDQAREQDRAHACRGRGGSLEVLFQGPGSWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.98 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	608641

fit	/app/data/saxs_computation/l9/9l9o/9l9o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l9/9l9o/9l9o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l9/9l9o/9l9o.dat

Cryo-EM structure of apo GPR50 with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and anti-Fab Nb complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)